直肠癌易被误诊为痔、肛瘘、阿米巴痢疾、血吸虫病、慢性结肠炎、直肠结肠息肉、肠结核、慢性细菌性痢疾、阑尾脓肿等，误诊率高达87.8%。
1、痔
内痔一般多为无痛性便血，血色鲜红不与大便相混合，据出血量的多少而出现大便表面血、滴血、线状流血或喷射状出血。而直肠癌的便血常伴有黏液而出现黏液血便和直肠刺激症状。肛门镜或乙状结肠镜检查可于齿状线附近见暗紫色痔核。
2、肛瘘
肛瘘常由肛窦炎而形成肛旁脓肿因治疗不彻底所致。高位肛瘘的外口距肛门多在5cm以上，低位肛瘘距肛门较近，这些患者常有肛旁脓肿的病史，局部红肿、疼痛，与直肠肛管癌的症状相差甚大，鉴别比较容易，但当肛瘘久治不愈合，特别是当肛瘘范围扩大且外翻呈蝶状溃疡时，需要注意具有恶变之可能，活检可行鉴别。
3、阿米巴肠炎
阿米巴肠炎以腹痛、腹泻，大便日行7～8次甚至10多次为主症。若病变累及直肠时常伴有里急后重，粪便带暗红色或紫红色血液及黏液，量多，典型者呈“果酱色”便，伴有腥臭味。急性感染期的阿米巴肠炎，行乙状结肠镜检查时有典型的口小底大“烧瓶样”溃疡，较为浅表，基底有棕黄色坏死组织，诊断并不困难。但是病变日久溃疡变成慢性期，溃疡可深入肌层，甚至穿透浆膜层，与邻近组织相粘，并有肠黏膜上皮增生、溃疡基底肉芽组织增生及其周围纤维组织增生，使肠壁增厚，肠腔狭窄。若结缔组织增生明显而呈瘤样增生者易被误诊为癌肿，详细了解病情有助于鉴别。
4、血吸虫病
血吸虫病的肠道病变好发于直肠、乙状结肠、降结肠、虫卵沉积于肠黏膜使局部充血水肿、坏死，若坏死黏膜脱落后即形成浅表溃疡，产生腹痛、腹泻、便血等症状。急性炎症改变消退以后，继而出现结缔组织增生，使肠壁增厚，甚至肠腔狭窄，反复重度感染而黏膜增殖明显者形成血吸虫性肉芽肿，易与癌肿混淆，病理可诊断也可鉴别。
5、溃疡性结肠炎
结肠炎以腹痛、腹泻、里急后重为主症，类似慢性菌痢，大便次数据病情的轻重而定，最高达数10次，在糊状的粪便中常混有血液及黏液。肠镜检查可见黏膜呈细颗粒状改变，血管纹理消失，伴红斑状充血及椭圆形小溃疡，其表面常覆以黄白色渗出物，重者可有大片不规则溃疡。若溃疡愈合而有大量瘢痕形成，常致肠腔狭窄、肠管缩短，但结肠炎发病缓慢，病程较长，常有反复发病的病史，与肠癌可行鉴别。
6、克隆病
又称为局限性肠炎。病因不明，好发于末端回肠和右半结肠，以腹痛、腹泻、肠梗阻为主要症状。粪便常无鲜血。X线和纤维内镜检查可予以鉴别。
7、直肠结肠息肉
大肠息肉多位于乙状结肠或直肠，发病男性多于女性，发病率随年龄而增长，单发多见。多数患者无明显临床症状，少数有腹部不适、腹胀或大便习惯改变，可出现黑便或便血。大的息肉可引起肠套叠、肠梗阻或严重腹泻。依靠X线钡剂检查、内镜检查和直视下活组织检查可与直肠癌鉴别。
8、肠结核
病变部位主要涉及回盲部，有时累及临近结肠。常见临床表现为发热、盗汗、消瘦、腹痛、腹部肿块等，肿块常固定于右下腹，有压痛。结核菌素试验阳性，抗结核药物治疗有效。组织学检查发现干酪性肉芽肿，可见到结核杆菌，依此获得确诊。
9、慢性细菌性痢疾
有腹痛、腹泻、黏液脓血便等症状。常有急性细菌性痢疾史，从粪便、直肠拭子或内镜检查时所得的渗出物进行培养，可分离出痢疾杆菌。抗菌治疗有效。
10、阑尾脓肿
右下腹疼痛、发热、麦氏点压痛，白细胞计数升高显著，腹泻少见。与直肠癌不难鉴别，但有时仍需剖腹探查。
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