中医内科学教育部重点实验室（北京中医药大学）和北京市重点实验室（中医内科学）成绩斐然。实验室以中医、中西医结合基础和临床应用基础研究、中医药现代化研究为主的实验基地。该实验室的前身是北京中医药大学东直门医院的气血研究实验室、中医脑病研究室和部分基础实验室人员于1998年联合建设成为“211工程”的学校级重点学科实验室，该实验室于2001年申报教育部重点实验室和北京市普通高校重点实验室，在2002年获批准而成为教育部第一个进行中医药科学研究的重点实验室和北京市的重点实验室。2005年9月国家教育部又对全国48个从事生命科学研究的部级重点实验室进行评估，在此次评估中，中医内科学教育部重点实验室被评为建设良好级实验室。实验室学术委员会由我国著名的中西医结合专家陈可冀院士任主任委员，我国著名的中医专家王永炎院士、我国著名的病理生理学专家唐朝枢教授任副主任委员，另有10名我国中医学、中药学和中西医结合专家任委员。在王硕仁研究员领导下，实验室现共有科研人员32人，其中高级研究技术人员24人，他们分别组成了对脑病、心血管病、病毒类疾病、糖尿病并发症和肿瘤抗化疗耐药性研究的5个团队。目前实验室的仪器设备总价值为1078.48万元，拥有两千多平方米的实验空间。
近5年来，中医内科学教育部重点实验室积极参加了国家科技部九五、十五、十一五计划中的973和863科学研究、主持承担了国家自然科学基金科研课题；获得国家科技进步二等奖1项，教育部科技进步一等奖3项，中华中医药学会科学技术一等奖1项；新药转让2项，获专利1项。2002～2006年东直门中医院在国内各级医学专业杂志上发表论文共1489篇，其中教学类论文37篇，在国际学术期刊发表论文43篇，被SCI收录的33篇，出版各类著作110部。科研为医疗和教学奠定了坚实的基础。医院走上了科学管理的道路，采用了信息管理系统，使各种数据的提取更便捷、更科学。
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