走进新时代，中医当如何发展？这是一个争论了百年而至今未了的课题。当下中医发展的现状告诉我们，中医发展之路仍然是一条探索之路，在对很多重大问题的认识上中医学界仍然没有得到统一，仍然在实践中一步一步地摸索。
方法论层面的两难选择
科学方法论是关于科学一般研究方法的理论，探索方法的一般结构，阐述它们的发展趋势和方向以及科学研究中各种方法的相互关系问题。中医的特殊性表现于因东西方文化差异带来的对自然规律认识的思维差异。中医承袭了中国文化的象思维方式，注重对人宏观层面变化的把握，突出表现为细节的模糊性与过程的简单或缺失。而这恰恰与现代科学的要求相去甚远，不能完全满足现代科学的基本特征，因而导致了近代以来中医学术界关于“中医科学与否”的不休论争。
中医是科学的，因为它确实既有疗效，又有理论指导。但是中医的说理也确实存在一些问题，它的一些重要原理必须通过现代科学的阐释才能得到理论的深化和完善，才能从古代科学水平走向现代科学水平。而建立在象思维基础上的中医理论与认识，又基本不适合用支撑现代科学的还原论思维方法作为研究的指导，不能完全照搬西医研究的理论与方法。
中医的科学实践也同样呈现出了两难选择的局面：一方面是现代派中医正在走的开拓创新之路，大胆借用现代科学的理论与方法，对中医的重要理论原理进行着现代科学的探索，欲从现代科学的角度揭示中医的科学本质。从国家对中医一些重大科研项目的立项与投入上不难看出对中医进行现代研究的决心与力度。
而另一方面，传统派中医则始终坚持中医与现代科学“不可通约”论，认为两种截然不同的思维方法不可能走向统一。特别是一些中医重大问题的研究长久得不到进展（如经络实质的研究），使之更加坚信中医与现代科学的融合是南辕北辙，不可能走到一起。
系统论乎？还原论乎？出现在中医面前的是科学方法论的两难选择。于是在学术研究的导向上，也只能是既要强调中西医的不同，坚持中医理论的指导，又要提倡用现代科学手段对中医进行研究。
医疗方式的重新比较
中医经历了从串乡医（游医）到坐堂，再到医院的发展过程，从自由行医的个体模式到有组织、有分工的集体模式，体现了中医医疗模式伴随社会发展而发展的过程。
然而，当中医院发展需要不断强化与完善的时候，尘封已久的“中医坐堂”在一片争论声中重新返回了历史舞台，“中医坐堂”在各大城市纷纷兴起，大有席卷全国之势。
是什么原因又使“中医坐堂”这种已经退出历史的医疗模式重现？可以肯定地说，这绝对不是中医倒退，也不完全是社会需求的回归，是当代社会在寻求一条更适合中医医疗的发展之路。这说明中医院的医疗模式已经不能完全满足当下社会的需要，也是社会对中医医疗模式的重新比较。
当然，坐堂医的出现，并不说明社会在否定中医院模式，也不说明坐堂方式就优于医院模式，只说明中医院的发展出现了短板。短板在哪里，需要在二者的实践比较中去发现。
中医优势的价值冲突
“简、便、验、廉”是中医的基本特色和优势。可是，中医院的发展同样需要强有力的经济支持，一味强调“简、便、验、廉”却不能给中医院发展带来大的经济效益。同样是技术，其价值却与西医相差甚远。所以，业界高调呼吁要提高中医技术的收费标准。但这又是一个两难问题：坚持“简、便、验、廉”，当下中医院的经济效益就会受到影响；提高中医技术收费标准，中医某些特色和优势就会弱化乃至消失。
中医发展中表现的价值冲突，极大地影响着中医特色与优势的稳定与强化，对现有中医医疗模式和结构形成较大冲击。如针灸、推拿是中医主要的特色优势，但因为收费价格低而对医院贡献小，在一些中医院
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