确立中医治法学范围
中医治法学研究的任务主要有以下三个方面：
第一是对传统治法的学习与研究。中医治法学的诞生始于《内经》，之后历朝历代医家不断创立新的治法，大大丰富了中医治法学内涵，这些传统的治法，今天仍具有现实的指导意义。如平肝潜阳法对于高血压，益气生津法对于糖尿病，清热利湿法对于肝炎等仍为临床所常用。认真学习、深入研究这些治法的疗效体现和作用机理是基地建设重要的学术任务之一。
第二是认真总结各地在相关疾病临床研究中不断创立的新治法。近年来，随着中西医结合研究的不断深入，各地根据现代医学疾病发生发展的规律，结合临床实际，创立了许多新的治法并应用于临床，这些治法既符合中医理论，又对病变实质，具有较强的针对性。应对这些治法进行深入研究、反复印证，使之成为传统治法学的有益补充。
第三是在不断总结实践经验的基础上，创立新的治法。根据相关疾病的病变规律和特点，不断创立新的中医治法是基地中医临床研究的关键一环。如对高脂血症建立化浊祛脂法；对高血压病建立平肝降压法；对糖尿病建立益气降糖法；对肝纤维化建立通络化纤法等等。这些治法目标明确，针对性强，既符合中医理论，又贴近临床实际，对于提高“病”、“证”疗效，完善丰富这些疾病的诊疗理论和方法，都具有十分重要的学术理论意义与实用价值。
开展临床方药应用研究
处方用药是临床诊疗的最终落足点，直接关系到疗效优劣和治疗成败，坚持正确的组方原则、把握好科学处方的技术细节是保证疗效获取的关键。
方药学研究的主要任务有三个，即学习经方、印证验方、创立新方。第一是经方的学习与研究。许多经方至今仍广泛应用于临床并常可获得满意的疗效，深入研究这些传世经方在配伍方面的特色与规律，认识和阐明基地建设所针对的相关西医疾病的疗效原理，认识其局限性，为各疾病最终方药的选择和确定提供理论依据。
第二是对经验方药的研究。多年来，广大临床工作者在总结中医治疗西医疾病实践经验的基础上创立了许多经验方，这些经验方既符合君臣佐使的配伍原则，又融进了现代科学理念，常可取得较好的疗效，具有强大的生命力。中医临床研究基地建设应将经验方药特别是民间验方的挖掘搜集作为重要的学术任务。应对相关的经验方药进行深入细致的分析研究，反复印证，由分散而集中，发现其规律，使经验方药趋于规范与完善，逐步实现从经验用药到规范用药的过渡。
第三是加强对单味药的研究。对中药单味药不仅要熟悉其性味、归经、功效、主治等，还要充分运用现代医学科学技术与方法进行药理学、毒理学研究，在阐明其作用机理、认识其疗效特点的同时提供方法学启示。如五味子降酶成分不溶于水，用于降酶则不宜入煎剂等，从而保证临床用药的有效性和安全性。
此外，应深入开展多剂型、多途径给药研究，在总结大量临床经验的基础上，研制更多更有效的中药新药，克服汤剂量效关系不确定、治疗依从性受限等不足，为多途径用药创造条件。
建立起中医药对症治疗框架
临床重大疾病病程较长，治疗难度较大，患者常因生理、病理及心理变化而出现许多复杂症状与体征，有些症状与病因甚至并无直接的相关性。因此，有时病因解除了，症状却依然存在，患者深受其苦，解除这些症状，减轻患者痛苦和心理负担，改善生活质量就成为临床治疗的重要环节。
对各基地承担的相关疾病的治疗，现代医学多强调病因治疗（如抗病毒治疗等），尚未建立适宜的对症治疗框架，而中医药正好可以发挥这方面的作用和优势。因为，中医药独特的辨证论治模式针对的是“证”，其疗效优势也首先是体现在改善和消除症状与体征方面。
要建立相关疾病的中医药对症治疗框架，首先对每一常见症状发生的性质、程度、久暂、部位、病机规律等进行综合分析，然后确立相应的治法学范围和相对固定的方药，形成合乎临床规律和辨证论治原则的对症治疗框架。
如肝病胁痛一症，胀痛多因于气滞，可用疏肝行气法，选柴胡疏肝散；隐痛常因于肝肾阴虚，则多用滋肾柔肝法，选归芍地黄汤等；其他如腹胀、食少、失眠、眩晕、口渴、水肿等均可依此类推。这样有证、有法、有方、有药，相对固定，兼顾灵活，针对性强，可先治主症，再治次症，后治兼症，也可数症并治，数方并用，皆因临床需要而定，既便于学习、便于掌握、更便于推介。
中医对症治疗与西医学病因治疗各有侧重，将二者有机结合起来，才有可能达到医患共同期盼的主观症状与异常客观指标的同步改善，从而实现综合的疗效目标，提高中医的贡献度。
架构中西医联合的桥梁
中西医学作为人类防病治病的智慧结晶，有各自的优势与不足，进行中西医理论互融与实践渗透，进行方法的互补与借鉴就成为大势所趋；这既是我国医学科学发展的必然要求，也是临床诊疗的客观需要。
我国几十年中西医联合的实践证明，联合胜于单用，互补胜于竞争。中医临床研究基地建设以西医重大疾病为针对目标，将中医理论与方法运用于这些疾病的防治之中，这本身其实也是在拓展中医自身学术研究领域的同时架构中西医联合的桥梁，这也是实现基地建设既定目标的重要保证。
中医诊疗和学术研究的目的不是要取代降压、降糖、降脂、抗病毒、化疗、透析等西医治疗方法，而是在于找准中医在这些相关疾病防治中的恰当位置，把握好中医诊疗的阶段性规律和适宜介入的关键节点；真正发挥好中医治疗、辅助、善后等不同作用，发挥好中医灵活辨证、宏观调控及个体化诊疗等特色优势，做到中西医取长补短、优势互补，从而丰富这些疾病的治疗学内容。
中医学术研究要根据相关西医疾病发生学规律，深入挖掘中医治疗这些疾病的理论基础和实践依据，这一体系既不否认中西医思维方式和诊疗模式的差异，又要充分认识中西医在科学本质上的趋同性和方法学上的互补性，从而构筑起学术沟通的渠道。
要在基地建设相关疾病的诊疗中，建立起在保证中医主体地位前提下的中西医双重诊疗体系和临床路径。既有西医病的诊断，又有中医证的分析，在治疗上既针对病，又治疗证，一病双诊双治，病证结合。一切以提高临床疗效、改善疾病预后为唯一宗旨。在这一过程中不断使中医学真正成为开放的学术体系，从而促进中医学术的发展。
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