由于世界的整体性，不同区域文明的互相融合是不可抗拒的规律。但要在短期内使两种各自都有数千年历史，且皆有不同文化基础的医学体系，从理论到实践都结合在一起，是很困难的。
人们的认识只能依据医学发展的规律和条件，在实践中分阶段地，从部分到整体地趋近。因此笔者认为，目前中西医结合仍处于较低层面和水平的探索阶段。虽然与19世纪早期提出中西医汇通时相比产生了飞跃性进步；从宏观到微观的实践范围大大扩展；以病证结合为切入点的临床与实验研究，把带有虚拟性的中医理论变得实际化来探讨，均将中西结合推入了一个较高级的水平。
但是中西医学本身及其相互关系并没有因此而发生根本性质的改变，一个独立的、能指导实践的中西结合的新医学理论和实践体系，即符合“中西结合医学”定义的“新理论、新方法”尚没有真正形成。
尤其是基本理论层面的诸多重大课题还是汇而不通，更谈不到结合。我们说中西医结合目前仍处于中西汇通阶段，但是属于中西医汇通较高级的新阶段。
中西医结合既是一个长期的过程又是我们的远期目标。但只有明确了目前的实际情况，才会抓住现阶段的主要矛盾，解决主要实际问题；还可防止对于现阶段的中西医结合提出不切实际的要求与指责。
正如早期汇通学派的代表人物朱沛文所言：“中华儒者，精于穷理而拙于格物；西洋智士，长于格物而短于穷理”，因只是有所长短，而都非绝对有或无，故进而认为中西医可以“通其可通，而并存其异”，现在这种状态并未发生根本改观。新中国成立前的中西汇通，主要是部分中医学家们的“中体西用”、“衷中参西”；而之后，中西医结合启动的主要方式是在职西医学习中医；但是最终结果都是中医学较多地学习了西医的方法和知识，而西医从中医学这边吸收的精华很少。
现在虽说是“三支力量并存”，但是中西结合医还是属于中医学术共同体，而不属于西医。中西汇通本应成为中西医家共同的努力，但是近年来，中西医结合在中医学术共同体内和西医学术共同体内却都有边缘化的倾向，往往被某些人指责为“中医西化”的“罪魁祸首”。笔者认为造成这种情况的原因是中西医汇通还很不够，还要花大力气继续补足汇通这一课。
我国医学界对于中西汇通的长期性和复杂性认识不足，以至于急于求成，往往陷入了“对号入座”、“以偏赅全”、“中西混搭”等结合误区。所以，现阶段的中西医结合学的首要任务仍是消除误区，加强汇通。
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