次阐述了温病发生发展规律。他明确提出“温邪”是导致温病的主因，突破了传统的“伏寒化温”的认识范围，彻底摆脱了热病皆伤寒的束缚，这就从根本上划清了温病与伤寒的界限。叶氏接受吴又可邪从口鼻而入的观点，概括新感温病的受邪途径是“温邪上受，首先犯肺”，其传变规律为邪如不外解，可由肺卫顺传阳明或逆传心包，这与伤寒之邪按六经传变不同。特别是“逆传心包”理论，是对温病传变规律认识的一大创见，亦是对《伤寒论》六经传变理论的一大突破，如叶氏认为神昏谵语不单单是按《伤寒论》所说由燥屎所致，更重要的是因“邪入心包”，故立法以清营清宫为主，选“三宝”和犀角、金汁、竹叶之类。因此其意义不仅仅在于是理论上的重大突破，更重要是为温病危重急症的治疗独辟蹊径，拯救了众多垂危病人的生命。叶氏在对温病整体认识基础上，创立了卫气营血辨证论治理论体系，他指出温病的病理变化主要是卫气营血的病机变化。其各自证候表现为：邪在卫分则见发热、微恶风寒、无汗或少汗、头痛、咳嗽、口渴、脉浮数等肺卫证；邪在气分则见身热、汗自出、不恶寒、反恶热、口渴欲饮、苔黄燥、脉滑数等里热证；邪入营分则见烦躁不安，夜甚不寐、斑疹隐现、舌质红绛等热损营阴和心神被扰证；邪在血分则见身热、吐血、衄血、便血、斑疹透露、舌质深绛等热盛动血证。提出“卫之后方言气，营之后方言血”的传变顺序规律，并据此确立了“在卫汗之可也”，治宜辛凉透解；“到气才可清气”，治宜辛寒清气；“入营犹可透热转气”，治宜清营泄热，药用“犀角、玄参、羚羊角等物”；“入血就恐耗血动血，直须凉血散血”，治宜凉血活血、清热解毒，药用“生地、丹皮、阿胶、赤芍等物”的温病治疗大法。可见，叶氏的卫气营血理论，与仲景以营卫解释风寒表证病机，并作为调和营卫辛温解表的立法依据，用气血来解释部分病证的病位、病机的意义很不相同，与《内经》只提出卫气营血的概念、功能，更是理论上质的飞跃。叶氏在创立卫气营血辨证体系的同时，还丰富和完善了辨舌验齿、辨斑疹白PEI的温病诊断方法；补充了东垣脾胃论详于脾而略于胃的不足；他对内科、外科、妇科、儿科、五官、护理等方面创见也颇多、贡献很大；他还十分善于运用古方，如程门雪说“天士用方，遍采诸家之长，不偏不依，而于仲师圣法，用之尤熟。”他的许多治法药剂，经吴鞠通整理成为广传后世的效验名方。
叶氏生平虽无亲笔著述，但其临证医案，辞简理明、“无一字虚伪，乃能徵信于后人。”在医学教育方面，叶氏培育成不少能济世活人的名医，他的诸多反映其独到经验和深邃医理的名言，对后学仍有很大的启迪意义。叶氏以其“立德、立功、立言”的为医最高境界，而深受广大医家景仰，他的学说，在二百多年的不断发展中，形成一个重要而有特色的医学流派--“叶派”，在近代医学史上闪烁着灿烂的光彩。百余年间，私淑叶氏者很多，最著名的有吴塘、章楠、王士雄等。叶天士的儿子叶奕章、叶龙章都善医，但被父亲的名声所掩盖；他的孙子叶堂、叶坚，曾孙叶万青等3人则转习儒业。叶氏的学术不能很好地传给自己的子孙后代，但却广泛地流传在人间。
当然，叶氏同历史上所有的伟大医学家一样，难免有其不足。如叶氏所题“踏雪斋”以与薛生白题“扫叶庄”的门匾相诋，则难避同行相嫉，门户之争之嫌；叶氏虽学验巨丰，但受他“不欲以医传世”的思想影响，生平除部分医案和简短的口述温病学说外，无亲笔著作，致使其许多的学术思想精华和临床经验失传，而有些传世的学术论点又零散残存在有限的医案中，缺少完整性理论论述；另有些学术论点又存在前后矛盾之处等。但是小疵不掩其大醇，叶氏作为一位中国医学发
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