银杏在低温湿润条件下，可贮藏1年左右，种子的硬化率低于10%，如果湿度高，空气干燥，硬化率超过80%，基本上就失去了其商品价值。不论哪种方法贮藏，供贮藏的果子必须充分成熟，含水量不得超过20%，还要将嫩果破壳剔除。
方法一般有以下三种：
一、冷藏 将银杏果装在消毒过的麻袋或竹篓内放入1℃-3℃的冷库中，每隔10-15天喷水一次，保持湿度50%，贮藏期间要定期检查和翻动，如冷库内湿度保持在2℃，5-6个月银杏果仍洁白新鲜，贮存时间可过一年。
二、沙藏 层积沙藏，即可用于种子贮藏，也可作为食用果子贮藏的一种方法。但时间不宜长，一般为三个月左右，过长会影响皮色。沙藏果子出售前，对果子必须进行清洗，阴干后要尽快出售。
三、水藏 将银杏果子放在清水缸中，并经常换水。可贮藏4-5个月。
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