通过建立穿心莲种子、种苗的品质鉴定与评价技术标准体系，建立起穿心莲原种保存—原种繁育—良种繁育的系统的种子、种苗生产供应链，实现能批量、快速、经济地提供优质纯正的穿心莲种子、种苗，将促进穿心莲种子、种苗商品规格化、质量标准化；还将进一步通过专利、专有技术、认证、品牌等手段，构建起自我的技术壁垒和市场经营壁垒，产生较大的社会、经济效益。而这种种子种苗的研究与培育产业链条式的发展模式，正是我国现阶段种子种苗研究的弱项，应该不断推而广之，确保GAP规范种植不断链。
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目前中药材生物育种技术主要包括系统选育、杂交育种、诱变育种、染色体倍性育种、分子育种等技术。
系统育种是采用连续不断地从栽培植物的大田中或杂种后代的试验田里，选择具有优良性状的单株或群体，用人工的方法加以定向选育，形成优质高产品种。如从四种栽培类型的药用白菊花中选育出具有优良栽培性状且高产的红心菊、小白菊两个新品种；发现一些南药的不同农家种，如阳春砂的圆果、长果，巴戟天的小叶种、大叶种，广藿香的牌香、肇香、南香，广佛手的握拳果、张手果，并初步筛选出其中的优良品种，如巴戟天的小叶种、广藿香的牌香等。杂交育种包括有性杂交和无性杂交，如对多个天麻品种进行多年正反交试验，培育出三个杂交高产品种；诱变育种是利用物理、化学诱变因素诱发植物基因突变，促进遗传基因重组，扩大遗传变异。包括离子束诱变育种、辐射育种、化学诱变、空间诱变等。如近年开展了大气压放电等离子体种子处理技术在南药穿心莲的研究和应用；染色体倍性育种包括单倍性育种和多倍体育种。药用植物多倍体具有生物产量高、抗逆性强、某些药用活性成分含量增加等优点，目前已人工加倍成功的植物有牛膝、百合、宁夏枸杞等数十种药用植物；分子育种指以基因工程育种。
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