一、继承汉唐医学传统，强调辨病专治
经典杂病派是一个具有汉唐医学风格，善于应用专方专药治病的流派。我国汉唐医学治疗杂病，都是在专病专证专方专药的前提下照顾到阴阳寒热表里虚实。辨病，是专治的先决条件。《黄帝内经》中已有二百多种病症，对风、痿、痹、厥等病还有专篇论述。汉代张仲景的《金匮要略》以病名篇，是辨病专治的典范，如百合病之用百合方，黄疽病之用茵陈、巩石方，热痢之用黄连方，胸痹之用瓜蒌薤白等皆是。隋唐两代在疾病的分类、病理探讨以及专方专药的搜集整理上取得了很大的成就。《诸病源候论》论述了1729种病候，如虚劳病列74病侯，痢病列有40候，观察之细致，甚为可贵。《千金方》《外台秘要》集隋唐经验方之大成，其中治瘿的羊靥、海藻、昆布方，治消渴的地黄、地骨皮、苦参方，治夜盲的羊肝方，治疟疾的柴胡、常山方，皆是专方专药。宋元以后，医风变迁，医家每究心于通治，诸家固然在内伤杂病的病机上各有发明，但也给后世带来一些不良影响，一些医家唯以金元诸家为宗师，“袭几句阴阳虚实、五行生克笼统套语，以为用温补之地”“唯记通治之方数首，药名数十种以治万病”（徐灵胎语）这导致了辨证论治的庸俗化。明清之际，实学兴起，医学转向崇尚汉唐医学，恢复医学朴实学风，注重传统理论，注重前人临床经验，医风为之一变。经典杂病派正是这个历史时期的产物。
经典杂病派强调识病求因。“欲治病者，必先识病之名，而后求其病之所生，所其所由生，又当辨其生病之因各不同，而病状所有异。然后考其治之之法，一病必有其方，一方必有主药”(《兰台轨范》），徐灵胎这段话，概括了该派的基本思想。关于病的概念，徐灵胎作了以下的论述。其一，人之所苦谓之病；其二，分名为症，统名为病，如疟痢为病名，疟而呕吐头疼，痢而寒热腹痛为症；其三，有病因。如痹病乃有风寒湿三气杂至合而成病，痿病乃由肺热与湿热而成；其四，有专证专方，“一病必有一方，专治者名曰主方，而一病又有几种，每种亦各有主方”(《兰台轨范》），这里所说的一病中的几种，即是专证，是构成病的基本单位。由于病因的偏盛与否，或兼夹与否，一病可有不同的专证，如痹病的行痹，着痹，痛痹便是分别由风胜、湿胜、寒胜所引发。显然，这些病，决不能用阴阳五行所能分类或概括的。辨病的目的，在于抓住疾病的基本病机，辨析其专证，以寻找专方与专药，说到底，就是研究各种疾病的个性，同时，摆脱哲理的束缚，着力研究医学自身的课题。
二、重视方剂与药物的研究
与金元明诸家相比，经典杂病派十分重视方剂与药物的研究。在方剂学方面，主要做了以下的工作：1.经方的研究，有徐灵胎的《伤寒论类方》，陈修园的《长沙方歌括》、尤在泾的《金匮要略心典》，主要阐发仲景用药心得，经方组成耍旨。另有曹颖甫的《经方实验录》重在论证经方之疗效2.唐方的研究，有张璐的《千金方衍义》，是历史上第一本注解《千金要方》的著作。徐灵胎虽未写专著，但对唐方十分推崇，曾说《千金方》虽与古圣制方不同，“所重专在用药；然其用意之奇，用药之巧，亦自成一家，有不可磨灭之处”，临证亦善用《千金》《外台》方法。3.专方的收集整理。《张氏医通》专列专方3卷，分隶各病证之下，方源大多为汉唐方书，间采后世诸实用验方，集杂病专方之要，切千实用。《兰台轨范》《金匮翼》均是如此。另有干脆采用个人经验方者，如《医醇賸义》记录了费伯雄临证验方90余首，亦切实可珍。总之，所求方剂以验方专方为主。
在药物研究方面，经典杂病派反对易水内伤派的气味厚薄、升降浮沉、引经报使等药性理论，主张重视药物专能，重视实践经验。徐灵胎指出了药物的不少专能不是能以理论能解释的，提醒医家重视实践。他说：“药之治病，有可解者，有不可解者。如性热能治寒，性燥能治湿，芳香能通气，滋润能生津，此可解者也。如同一发散也，而桂枝则散太阳之邪，柴胡则散少阳之邪；同一滋阴也，而麦冬则滋肺之阴，生地则滋肾之阴；同一解毒也，而雄黄则解蛇虫之毒，甘草则解饮食之毒，也有不可尽解者。至如鳖甲之消痞块，使君子之杀蛔虫，赤小豆之消肤肿，蕤仁生服不眠、熟服多睡，白鹤花之不腐肉而腐骨，则尤不可解者，此乃药性之专长”(《医学源流论·药性专长论》），他还举菟丝子汁能“去面皯”（《本经》）为例，说；“以其辛散邪？则辛散之药甚多；以其滑泽耶？则滑泽之药亦甚多，何以他药皆不能去，而独菟丝能之?”，所以，但显于形质气味者可以推测而知，其深藏于性中者，不可以常理求也”；“虽圣人亦必试验而后知之”（《神农本草经百种录》）徐氏的思想代表了经典杂病派诸家的药物学思想。各家对古代药物学经典著作《神农本草经》十分重视，张璐因时医不重视古人用药之法，遂取《神农本草经》疏其大义，并收录当时常用药物，撰成《本经逢源》一书。徐灵胎选择《神农本草经》中百种药品，以“辨明药性，阐发义蕴，使读者深识其所以然”，并对李时珍的《本草纲目》评价甚高，认为其书“以本经为主，而以诸家之说附之，读者字字考验，则能知古人制方之妙义，而用之不穷矣”(《慎疾刍言·宗传》）阵修园著《神农本草经读》，谓“本经每药主治，不过三四证及六七证而止，自古圣人，洞悉所以然之妙，而得其专长，非若后世诸书之泛泛也”。
值得一提的是，经典杂病派还注重前人在方剂的剂量、煎服法、护理学方面的具体经验，如陈修园曾指出：“长沙当日必非泛泛而求，大抵入手工夫，即以伊圣之方为据，有此病必用此方，用此方必用此药，其义精，其法严、......其分量因生克制化而神其妙用，宜汤、宜散、宜丸，一剂分为三服、两服、顿服、停后服、温服、少冷服、少少咽之，服后啜粥、不啜粥、多饮水、煖水之类，而且久煮、微煮、分合煮、去滓再煮、渍取清汁，或用水，或用酒及浆水、潦水、甘澜水、麻沸水之不同。宋元后诸书多略之，而不知古圣人之心法在此。（《长沙方歌括·小引》）因此，《兰台轨范》《张氏医通》《金匮翼》诸书所载处方均有剂量、服法，决无含糊之处。近代经方家曹颖甫用方每药味不更、剂量不变，悉依仲景之旧，均反映了各家求实的治学态度。
三、重视综合疗法
与金元明诸派不同的，尚有重视综合疗法，反对“只以一煎方为治”的偏弊。徐灵胎指出：《内经》治病以针灸为主，又佐以泛石、导引、洗浴、按摩、汤液、酒醴等，治疗手段较多，是“病各有宜，缺一不可”，而时医“只以一煎方为治，惟病后调理则用滋补丸散，尽废圣人之良法。即用药不误，而与病不相入则终难取效”(《医学源流论》）所以，各家均重视综合治疗。《张氏医通》《兰台轨苑》中均有许多外治方，诸如放血、含漱、熨、烙、敷、塞、摩、扎指、洗、薰蒸、针灸等。《杂病源流犀烛》还附气功疗法，这对于疾病繁杂的杂病调治来说，综合疗法无疑是十分需要的。
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