百余年来对中医学的捆绑，理论上主要根源于唯物论哲学，而唯物论属于还原论。现代科学和中医学的理论与实践已证明，物质并非宇宙的本原和唯一实在，关系存在要比物质实体更为本始，更为丰富。“证”为病“象”，所标示的是人之生命系统的自然整体关系，其内涵和所藏信息远大于生命系统的物质构成，并对其有统摄作用。辨证论治不细究因果关系，却把握并合理处置了全部相关因果关系。中医之“证”和“象”，不能还原为西医之“体”，二者属于在认识上永远不能沟通的两个层面。中医之“证”，是独立的能够自成体系的科学领域。
问题的提出
自19世纪西医传入中国，中西医之争一直延续至今。对中医的批评比较有学术意义的，归纳起来大概有两个方面：
（1）中医辨证论治不能说明发病和治愈的物质依据；
（2）中医理论没有建立起明晰的因果关系。
因此，中医学不符合科学规范。应当承认，这两项指责切中“要害”。中医学从根本上说来，的确与西方科学体系的要求“格格不入”。
可是，几千年来中医不可取代的良好疗效迫使我们不得不提出疑问，所谓西方科学标准是不是人类认识世界获得真理的唯一通道？
中国大陆现在最通行最熟悉的认识论就是唯物论的反映论。这种哲学源于西方，与西方近代自然科学比较一致。历经百余年，各类对中医持有异议的学人，包括20世纪众多知名国学大师，20世纪将中医打入“伪科学”的“反伪”斗士，以及积极支持中医，但主张以现代科学发掘、整理、提高（实际是改造）中医，使中医“科学化”的各级官员、学科带头人，所有他们对中医的批评或希冀，不管自觉或不自觉，其理论的根基其实都出自唯物论的宇宙观和认识论。
唯物论和还原论的局限与缺失
那么唯物论是不是无所不包、无所不能、不可超越的哲学？是不是放之四海而皆准的真理？老实说，即使根据唯物论的现代认识论原理，回答亦应当是否定的。
因为世界是无限的，认识没有止境，而唯物论不过是西方文明曾经流行过的宇宙观之一。现代科学，量子物理学、生命科学、广义心理学、信息科学、系统和复杂性科学等所揭示的许多事实与结论，不断在向唯物论提出挑战，证明唯物论作为西方科学还原论的理论基础，具有片面性和局限性。
唯物论有合理性也有局限性
它与牛顿力学有较好的适应，与现代的物理学、生命科学、思维科学、心理学、信息学、控制论以及其他整体性、复杂性科学则不适应或不完全适应。
面对20世纪人类科学的最伟大发现，如量子力学、基因遗传学、控制论等，苏联的众多官方哲学家和科学家，曾以其违背唯物论而一一加以反对、批判和讨伐，但后来又不得不一一点头承认和接纳。这一反复也深深波及中国大陆，须要我们做深刻反省。如此巨大的历史教训，不能仅仅停留在科学技术层面，必须深入到哲学层面。
万物本原不能归结为“物质”
现代科学已经证明，物质与能量可以相互转化，物质可看作“封闭的能量”，能量可以生出物质。在物质和能量之外，信息不仅有独立存在的意义，而且对万物的生成与演化，尤其是反馈系统，具有不可缺少的特殊作用。一般认为，物质、能量、信息是世界构成的并列的三大要素。而进一步的分析表明，在这三大要素的背后，更深层的存在是关系。以上大体是以空间为本位看世界。
如果以时间为本位看世界，那么世界的本原是“元气”。“元气”与物质有本质区别，它“细无内，大无外”，其呈现是“象”，显示的是万物的自然整体层面。元气分化出关系而发挥作用，它传递信息，妙化万物，与有形之物相互转化。
“客观存在”不仅是“物质”
把“物质”定义为“标志客观实在的哲学范畴”不确切。唯物论属于还原论，它把一切事物还原到物质这个组分“原点”上。“客观实在”可以包括现象、过程、关系、整体和所有历史上发生过以及现在正在发生的事件，等等，但这些不应属于“物质”概念。物质一定与实体相联系，其形态结构不固定，但一定表现为某种形态的实体，否则就丧失了物质概念的本来意义。
因此，“物质”本身是具有还原性的概念。唯物论要求寻找一切事物的“物质根据”，以此为认识的最终目标，认为这个事物的“本始组分”能够说明一切，故唯物论的认识论属于还原论。还原论有积极意义，也有不可克服的局限。
唯物论不承认知识的主观性
这一点明显与相对论和量子力学相冲突，也与对心理、情感、美和许多复杂性、整体性事物的认识不符。事实上，人的一切认识都无例外地带有一定的主观性和主体因素，因为人不能离开主体与客体的相互作用关系来认识世界。
相对论和量子力学表明：长度、形状、位置、动量、时间间隔等所谓第一性的质，其实和第二性的质一样，也不为物质所“固有”，同样依赖于主体所具有的“认识条件”。参照系或测量仪器不同，则客体会显示不同的性质。第一性的质原来也具有相对相关性，受关系制约。就是说，主体和客体建立什么样的耦合关系，就会得出什么样的相应的认识结果。而作为关系质，它们又都是真实的、可靠的。
唯物论不理解随机和偶然
唯物论属于还原论，认为还原到最后的物质组分及其关系，就能说明一切，因此在根本上不理解、不承认有随机和偶然，将偶然性限制为必然性的交叉，为必然性开路。这与微观世界、宇宙大爆炸理论、精神现象和众多复杂性过程不符。
事实要求我们，必须承认在自然界和人类社会中，偶然性具有独立的意义与作用。
“物质”决定“精神”不准确
物论对精神和心灵现象的解释具有极大的片面性。唯物论将一切精神现象归结为某种物质的属性，强调物质产生并决定精神，这一结论片面、不准确。
在思维和高级心理过程中，想不想？想什么？怎么想？不是由大脑神经细胞的物质决定，而是由“思维主体”——“我”决定。对于思维内容和思维过程，思维主体之“我”有主动权和自由权。大脑细胞的物质却会服从思维主体之“我”的带动，依随思维内容和思维过程做相应运动，提供必要的支持。
唯物论引导人们物质利益至上
在价值观上，唯物论贬低或不承认真善美和自由的精神追求对人类的至上意义，将人的本质归结为对物质财富和权力的追求与斗争，将人类征服和践踏自然以满足物质欲望视为天经地义。
唯物论根本否认宗教在人类社会生活中的积极意义，鼓励和促使人们丧失一切敬畏之心。这些观点与做法是十分有害的，其极端的表现就是阶级斗争论的历史观、国家观和文化观，已走入反人类、反社会的深渊。
唯物论不懂天人合一、主客相融
唯物论只承认主观与客观二元对立的文化路线和认识途径，不承认、不懂得天人合一、主客相融也是一条有无限前景的人类必要的文化路线和认识途径。中华传统文化，包括科学（如中医学）、哲学，主要是建立在后者基础之上。因此，将唯物论绝对化，乃是正确理解、继承和发扬中华传统科学与文化的最大理论障碍。
在中医学问题上，尤其要划清整体论与还原论、元气论与物质论的界限，对它们的区别与关系要有清醒和全面的认识。
还原论的实质是用低级的运动和存在形式去解释高级的运动和存在形式，用简单的组分的运动和存在形式说明复杂的整体的运动和存在形式，认为将高级的复杂的存在物还原为低级的简单的存在物，找到事物最基本的组合单元，就是找到了事物的本质。
还原论对于揭示事物的运动规律在一定程度上有积极作用，但在还原过程中却将事物所在等级的特殊本质和复杂性、整体性舍弃了，破坏了。
然而实际存在的情况是，由于一切高级的运动形态皆建立在低级运动形态基础之上，而越是高级的运动形态，最终使其形成的复杂关系越是不稳定；越是低级的运动形态，则越是与相对稳定的有形的物质存在，如分子、原子具有直接的密切的联系，因此，坚持以物质为宇宙万物的本原，认一切运动都不过是物质的属性和存在方式，就必定走分解、还原的道路，把高级的运动形态归结为低级的运动形态，把找到事物变化的物质实体根据，作为科学认识的最终目标。
可见，唯物论将无限变化、无限丰富的宇宙的实质归结为运动着的物质和物质的运动，正是一种还原论、简化论的宇宙观。这与多元、复杂的宇宙本来面目，并不相符。以这种观点来认识作为高级运动形式的生命，来要求和衡量生命科学和医学，显然是狭隘的，有害的。
唯物论和唯心论尽管结论相反，但有共同的初始前提，就是同以主客对立的方式对待认识对象；而中医学的哲学和中医学的认识方法，却是从主客相融、天人合一出发。所以中医学的理论基础道、气、阴阳等，既不是唯心论，也不是唯物论，而是天人合一、道法自然的认识成果。
道、气、阴阳所要揭示的，不是天地万物作为已然存在的实体性、空间性本原，而是它们之所以产生并能神妙运化的根源。因此，对道、气、阴阳的追踪是为说明天地万物在时间流变中的演化过程与机理，而不是像唯物论或唯心论那样，找寻它们最终的、最本始的实体构成。
中医经络藏象之象，指人之生命在正常情况下自然地显露于外的状态，而医家对其进行以表知里、以我知彼、自外揣内式的研讨，于是形成经络藏象理论。“证”则是生病时人之生命所呈之象，是自然状态下生命异常的整体机能反应。
可见，藏象之象和辨证之证，都属于人身生命的自然整体、即原本最高整体层面。而象（证）与物质则分属于生命的两个层面。这两个层面都是人身生命的组成部分，都对生命的性质和变化产生决定作用。
因此，那种否定对象（证）的认识也属科学的做法，不仅是一种狭隘的偏见，而且没有看到，象（证）所标示的人之生命的自然整体层面高于并统摄生命的物质构成层面。
现象大于并高于内在本质
中医所说阴阳、表里、寒热、虚实八种基本证候及其包容的各种具体证候，即六经辨证、藏府经络辨证、卫气营血辨证、三焦辨证等所涉及的
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