清朝 (公元1644-1911年)
关于清朝
由于长期内忧外患，明朝终于1644年被满清贵族推翻。清初为缓和阶级矛盾，实行奖励垦荒、减免捐税的政策，国内和边疆的社会经济都有所发展。最初的几位皇帝，特别是康熙(1662-1722)、雍正(1723-35)及乾隆(1736-96)，史称「康雍乾盛世」，促进社会发展至新的景象。不仅解决了中国历史上，游牧族与农耕族之间日久的冲突；同时采纳一系列政策，发展边疆地区的经济、文化和交通，巩固了国内多民族的统一，也奠定了现代中国的版图。尽管清朝取得令人瞩目的成就，但其发展并未超越传统封建、专制主义体制。经济上仍以农立国；文化思想上提倡封建礼教。外交上长期闭关自守，盲目自大。因此与同时期西方资本主义蓬勃发展的形势相比，清朝所取得的成就则相形见绌，已落后于世界发展的潮流，并且存在越来越大的距离。
清中叶以后，各种社会矛盾日益暴露，反清斗争接连不断，经历9年的白莲教起义，结束了清朝的全盛时期。1840年鸦片战争后，帝国主义入侵，清廷与侵略者分别缔结了一系列不平等条约，割地赔款，开放通商口岸，逐步沦为半封建半殖民地社会。满清国主权受损，政治腐败，进入了衰落时期。1911年孙中山发起辛亥革命，成功推翻清朝。
温病学的继续发展
明朝吴有性的《温疫论》是温病学的重要里程，之后其他医家对温病学体系继续进行临床实践及理论探讨。清朝温病学说有更进一步发展，已经形成了独立专题。这个时期的重要人物及著作有，叶桂与《温热论》、薜雪与《湿热条辨》、吴瑭与《温病条辨》。
晚清时期，虽然中医面对西方医学严峻的考验，医家们继续拥护《伤寒论》、"寒凉派"、《神农本草经》以及其他传统中医理论，中医学仍旧受到普遍支持。王士雄(1808-66)，终其一生研究温病，撰写《温热经纬》一书。柳宝诒(1842-1901)的《温热逢源》及雷丰之《时病论》(1882)仍然对温病学的发展有一定贡献。
人体解剖学
中医有关人体解剖学的知识，在《黄帝内经》中已有不少记载。但一直发展缓慢，部分原因归咎于中医外科手术没有受到重视。
1830年《医林改错》的刊行，纠正了前人关于人体脏 腑记载的某些错误。其作者王清任(1768-1831)深感医家掌握正确人体脏器知识的重要性。他细心观察放置在义冢的尸体，发现很多以前中医学不了解的器官，如主动脉、胰脏及横膈膜等，也纠正了"肺中有24孔"、"尿从粪中渗出"等错误论断。他再一次肯定脑子主宰思维记忆的功能。
人痘接种术 - 天花预防
先前描述明朝天花为患，人们已开始懂得预防方法。比较确实的历史资料是1727年俞茂鲲于《痘科金镜赋集解》一书中所提及，有效的天花预防方法，人痘接种法在1567-72年经已施行。其中一种接种方法，是以天花患者痊愈期的疹皮痂，磨成细粉作为痘苗，从未出过天花疹的健康人士，利用银筒帮助吸入鼻腔，就可产生抵抗力。虽然这种方法仍不完善，但有重要历史意义，它不仅是牛痘发明前预防天花的有效方法，更是人工免疫法的先驱。在中国各地广泛应用，并很快流传到欧洲多国。
《本草纲目》补充及草药治疗
赵学敏 (约1719-1805)，字恕轩，杭州人。编辑了一本《本草纲目》补充，对中医药作出重大贡献。《本草纲目拾遗》是一部重要的药物学专着，共载药物921种，其中716种是《本草纲目》所未收载或记录不详者。书中将药物共分类为水、火、土、金、石、草、树、蔓藤植物、花、种子、蔬菜、器物、鸟、兽、甲壳动物及昆虫。总结了中医19世纪的药物学成就。
赵学敏另一本重要著作为《串雅》，是与"铃医"即民间走方郎中合作，广泛收集整理民间医药经验与知识，于1759年问世，分为内、外篇。赵学敏认为民间走方郎中的医术很神奇，而且疗效显著。这些郎中们用药具有平贱、显验、方便的特点，因此对他们非常推崇。1949年后在新中国出现的"赤脚医生"，可以认为是他们的后继者。赵学敏在书中阐明治疗用药不一定要贵重，他极力批评庸医们的高昂收费，认为他们只会处方一些昂贵的补药，但其实不懂辨别药性。书中记载了许多疗效卓著的走方医经验。
典型中药房
在19世纪，植物药治疗是中医学的基本，早期有关文献不继被再次刊行，很多医家如吴其浚(1789-1846)于1848年出版之《植物名实图考》，费伯雄于1863年撰写《医醇剩议》等，都希望为这个以植物为本的医学作出贡献。当时最闻名的中药堂是同仁堂，位于首都北京，专门为皇宫供应药物。
大量医学书籍的编著及整理
为拢络知识分子，清初的皇帝鼓励学术生活，并时常资助大型文献的编纂，因此当时有大量全书、类书及丛书刊行。
18世纪百科全书非常流行，当时出版的其中一本重要类书是《古今图书集成》(1723)，由蒋廷锡等受命编纂，520卷，内容辑录有古典医籍的注释、临证各科诊治、医家传略、医学艺文与记事等。另一本清政府命令纂修之医学丛书《医宗金鉴》(1742)，由吴谦等人把18世纪初以前，历代重要医学著述加以校订、删补，并进行节录编辑。全书共90卷分15门，包括医学理论、各科诊治、方剂、针炙与运气等内容。1749年起，清"太医院"规定为医学生教科书。至今仍是重要的参考文艺。
当时医家们撰写个人专着亦是时尚，用以陈述自己的医学见解。张璐(1617-1700)的《张氏医通》(1695)，主要是推祟"温补学说"。同时有关医学基础书籍相继面世，程国彭的《医学心悟》(1732)一书，以简明文字扼要清楚地论述中医四诊、八纲、八法以及临证各科的诊治，对初学者很有启发。李用样的《证治汇补》(1687)也是一部内科诊治专着。
由于清朝考据风气盛行，不少医家对重要的古典医籍进行了大量的考证与注释工作。举例如《黄帝内经》、《伤寒论》、《金匮要略》等，都有大量注释刊行。其他临症各科各自有发展特点与突出成就，表现在不少医家对疾病诊治的总结与医着的空前增多。
西方医学的传入
19世纪末，清政府日益衰落，逐成西方资本主义国家的侵略对象。在宗教组织的支持下，教士及西方医士们在中国的洋化运动中扮演了重要角色。当时出现很多由中国人或与西方人士共同开办的西医学校，一批有关西方医学的释本也相继面世。西方医学在中国开始日益广泛深入地传播，由沿海到内地，由设立诊所到建医院，由办学校到吸收留学生，由翻译医书到成立学术团体，近百年间，形成了中医与西医并存的局面。近代最早去西方学医者为黄宽(1829-1878)，广东香山县人，1850年赴英国爱丁堡大学专攻医科，1857年回国后，以其高明医术及医德，深受广东一带人民的爱戴。
中西方医学结合
在清朝末期，洋务运动引起了传统中医界的重视。由于种种复杂的原因，当时医学界出现了几种不同的态度和主张；一些人对传统中医一概加以鄙视，认为不科学，极力主张取缔；一些人拒绝接受新事物，认为西方医学全部不适合中国人；有一些受过西方思想的人，认识到中西医各有所长，迫切探索发展中国医学之路，试图把西医学术加以汇通。当然根据当时历史背景和医家们本身条件限制，其汇通中西医的活动，未能取得明显的成就。
在汇通中西医活动方面，其中最早的一位先驱者为朱沛文，字少廉，广东南海县人，出身医学世家。他于1892年编撰了《中西脏腑图像合纂》，将人体结构、脏腑图像与西方生理解剖图谱相互参照，加以论述。内容较系统、丰富及集中地反映了他的中西医结合的学术思想。
