由于中药的成分复杂，化学结构难以定性，因此，在中西医结合治疗中还存在中西药物配伍禁忌的问题。常见的中西药配伍禁忌主要可分为如下几类。
降低疗效或增加毒副作用
中药四季青、黄药子对肝脏有损害作用，如配伍四环素，除降低前二者的疗效外，还可增加它们的毒性;石榴皮、地榆、诃子、五味子与红霉素联用，易发生药物中毒性肝炎；中药川乌、草乌、附子以及含有这类药物和生物碱的中成药，如小活络丹、三七片、元胡止痛片、黄连素等与氨基糖苷类药物合用，可增强对听神经的毒性。
复方丹参注射液与抗癌药物配伍，如环磷酰胺、氟尿嘧啶、阿糖胞苷、丝裂霉素等，配伍应用后对肿瘤细胞不仅无抑制作用，反而会促进恶性肿瘤的转移；阿托品具有解除迷走神经对心脏的抑制作用而使心率加速，与丹参及其制剂配伍后，丹参所具有的降低血压功效，可被阿托品所阻断，从而使丹参的药效降低。丹参中所含的活性成分丹参酮能拮抗雄性激素的作用，若与甲基睾丸素、丙酸睾丸素等雄性激素配伍，可以降低雄性激素的活性，影响其疗效。
含乙醇的中成药如国公酒、藿香正气水、风湿止痛药酒、人参酒等与苯巴比妥、苯妥英钠、安乃近及降血糖西药合用，则因乙醇的药酶诱导作用，增加对肝药酶的活性，使上述西药在体内的代谢加快、半衰期缩短，以致显著降低疗效。
含蛋白质及其水解产物的中成药，如珍珠丸、清热解毒丸、牛黄解毒丸等，不宜与黄连素同服，因所含蛋白质等成分可拮抗黄连素的抗菌作用。血余炭、艾叶炭、煅瓦楞能吸附多种抗生素，减少其在胃肠道内的有效浓度。茵陈可拮抗氯霉素的抗感染能力。
含牛黄的中成药，如牛黄解毒丸、安宫牛黄丸等，不宜与水合氯醛、吗啡、苯巴比妥等西药联用，因为牛黄能增加水合氯醛、吗啡、苯巴比妥的中枢神经抑制作用，可能出现急性中毒，如昏睡、呼吸中枢抑制、低血压等。
麻仁石甘片、止咳定喘膏、防风通圣丸、哮喘冲剂、通宣理肺丸等含有麻黄的中成药与降血压药同服，可因麻黄中的有效成分麻黄素的收缩动脉血管作用而致血压升高，会抵消降压药的疗效，甚至会升高血压；也不宜与单胺氧化酶抑制剂痢特灵、优降宁、苯乙肼、甲基苄肼、异烟肼等合用，因单胺氧化酶抑制剂，可抑制单胺氧化酶的活性，使肾上腺素神经末梢贮存的递质灭活受阻，而使麻黄及其制剂中的麻黄碱升压作用加强，有导致高血压危象和脑出血的危险。也不宜与强心药合用，麻黄碱可兴奋心肌β受体，加强心肌收缩力，因而可使洋地黄类强心药的作用增强、毒性增加，易致心律失常及心衰等不良反应。
含有钙离子的中药，如石膏、龙骨、瓦楞子等，均不宜与强心苷类药物合用，因为强心苷类药物作用时通过心肌释放钙离子，而含大量钙离子的中药会加强强心苷的作用和毒性。复方甘草片与强心苷类药物配伍，易导致心脏对强心苷敏感而引起中毒。
甘草、复方甘草合剂等甘草制剂和鹿茸、首乌及其制剂不能与阿司匹林及降血糖药物合用。与阿司匹林合用，可增加胃肠道不良反应，甚至诱发或加重消化道溃疡。甘草可拮抗降血糖药如胰岛素、降糖灵等的作用。
金银花、连翘、黄芩、鱼腥草等，不宜与乳酶生、整肠生、胃酶制剂等合用，因为这些中药在抵抗病菌的同时也抑制或降低了后者的活力。
中药桃仁、白果、杏仁与安定类等镇静催眠药合用会抑制呼吸中枢、损害肝脏。抗癫痫药与苍耳子、雷公藤合用可加重肝脏损害。元胡止痛片、健胃片、大活络丸等，不宜与阿托品、麻黄碱等生物碱类配伍，以免加重其毒副反应。
引起酸碱度变化
含有酸性成分的山楂、五味子、乌梅、山茱萸、女贞子等中药均可酸化尿液，影响一些西药在肾小管内的重吸收和排泄，如碳酸氢钠、氧化镁、碳
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