中药的禁忌内容较广，涉及配伍禁忌、妊娠禁忌、服食禁忌、病情禁忌、制剂禁忌等。
一、配伍禁忌
配伍禁忌，指某些药物在复方中禁止或不宜配合运用。早在《本经•序例》的“七情”中就有：“勿用相恶、相反者”的论述，这也是后世配伍禁忌的基本依据。但相恶与相反所导致的后果并各有不同。相恶配伍只是降低药物的某些性能，有些药物通过减低其某些性能可以减轻或消除它的副作用而更有利于病情，则又是一种可以利用的配伍关系，所以并非绝对禁忌。而相反配伍，则可能危害患者的健康，甚至危及生命。故相反的药物原则上禁止配伍应用。 五代后蜀韩保昇在修订《蜀本草》时，首先统计七情数目，提到“相畏者七十八种，相恶者六十种，相反者十八种”，后人所谓“十八反”之名，实源于此。相畏在中药“七情”中的含义，已如前节所述。但自宋代以来，一些医药书中，出现畏、恶、反名称使用混乱的状况，与《本经》“七情”中“相畏”的原义有异。作为配伍禁忌的“十九畏”就是在这种情况下提出的。目前医药界共同认可的配伍禁忌，主要有“十八反”和“十九畏”。
十八反：甘草反甘遂、大戟、海藻、芫花；乌头反贝母、瓜蒌、半夏、白蔹、白及；藜芦反人参、沙参、丹参、玄参、苦参、细辛、芍药。
附：十八反歌诀：
本草明言十八反，半蒌贝蔹及攻乌。
藻戟遂芫俱战草，五参辛芍叛藜芦。
十九畏：硫黄畏朴硝，水银畏砒霜，狼毒畏密陀僧，巴豆畏牵牛，丁香畏郁金，川乌、草乌畏犀角，牙硝畏三棱，官桂畏石脂，人参畏五灵脂。
附：十九畏歌诀：
硫黄原是火中精，朴硝一见便相争。
水银莫与砒霜见，狼毒最怕密陀僧。
巴豆性烈最为上，偏与牵牛不顺情。
丁香莫与郁金见，牙硝难合荆三棱。
川乌草乌不顺犀，人参最怕五灵脂。
官桂善能调逆气，若逢石脂便相欺。
太凡修合看顺逆，炮[zhk8]监炙煿莫相依。
以上所列十八反、十九畏的药数，是根据金元以来比较流行的歌诀统计出来的，故为多数医家所遵从，但在本草文献中有关相反、相畏的药物并非只有此数。一般十八反多超出此数，而十九畏则少于此数。
对于十八反、十九畏作为配伍禁忌，历代医药学家，遵信者多；持异议者，亦复不少。亦有人认为十八反、十九畏并非绝对禁忌；有的学者甚至认为，相反药同用，能相反相成，产生较强的功效。对于沉疴痼疾，只要运用得当，往往可收奇效。
近年来对十八反、十九畏的配伍，开展了一些药理实验研究。但由于十八反、十九畏牵涉的问题较多，由于研究者的实验条件和方法存在差异，实验结果相差甚大。有些用毒性试验的方法，产生互相矛盾或负的结果。早期的研究结果趋向于全盘否定；近年来，观察逐渐深入，“不宜轻易否定”的呼声渐高。此外，还有的实验证明，十八反、十九畏药对人体毒副作用的大小，与药物的绝对剂量及相互间的相对剂量有关。
总的说来，对于十八反、十九畏的药物还有待进一步观察研究，若无充分的根据和应用经验，一般不应配伍使用。
二、妊娠用药禁忌
妊娠用药禁忌，主要讨论妊娠禁忌药。妊娠禁忌药就是指在妇女妊娠期间，应该禁忌使用的药物。
药物对妊娠影响，古代医药学家早有所认识，如在《神农本草经》中即已载有6种具有堕胎作用的药，梁代《本草经集注•诸病通用药》专记了堕胎药一项，主要还是从妊娠禁忌药的角度来认识、对待，而不是在寻求堕胎的有效药。
妊娠禁忌药物，主要是根据其能引起堕胎或中止妊娠而提出来的。随着对妊娠禁忌药的认识逐渐深入，对妊娠禁忌机制的认识也在逐步加深。归纳起来，主要包括对孕妇和胎儿两方面的影响：即对母体不利和
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