木香味辛，苦，性温，属理气药范畴。木香能行肠胃滞气，疏肝开郁，和胃健脾。是常用的行气药。气行则痛定，故可治一切冷气滞塞疼痛。
木香偏于行肠胃系统的滞气。常用于肠胃气滞而引致的胃脘痛，胃脘胀闷，脘膈间胀闷多嗳、腹胀等症。可配合藿香，香附、良姜，槟榔、砂仁、草蔻、丁香等同用。兼有胁痛的，可加炒川楝子、枳壳，青皮等。本品又有芳香化湿的作用。对于肠胃气滞，湿停不化所致的呕吐，腹痛，泻泄等也常以本品配合藿香、佩兰、竹茹，半夏、茯苓、灶心土、木瓜，黄柏，黄连等同用。
木香配黄连，名香连丸，是治疗痢疾的常用方。以木香行肠胃滞气而除里急后重，兼能芳香化湿，黄连燥湿清热，凉血解毒而止大便脓血。故对肠胃湿热积滞所致的痢疾，效果很好。临床上常以香连丸方随证加减，用于治疗各种痢疾。例如湿重者可加茯苓，苡米，苍术、车前子，热重者可加黄芩、黄柏、白头翁、马齿苋，食滞者可加焦三仙，槟榔、炒内金，有表症者可加葛根、荆芥，有寒者可加吴萸、肉桂，干姜，腹痛重或大便脓血多者，可加白芍(重用)、当归等等。
木香配砂仁可治脘腹痞满，配槟榔可除里急后重，配莱菔子可治腹胀，配小茴香可治疝痛；配乌药可治小腹部气逆作痛。
砂仁行气偏用于和中消食除痞闷，兼能引气归肾。木香行气偏用于行肠胃滞气而消腹胀，兼能燥湿治泄、实大肠。槟榔破气去滞消食，其性降，兼治脚气。木香行气消胀和肠胃，其性燥，兼能治痢。
乌药偏用于顺膀肾逆气(小腹部气胀、气痛)木香可用于治冲脉逆气里急(从小腹两侧至脐旁的部位逆气攻冲作痛)。
入行气药时，宜用生木香，入治泄，实大肠药时，宜用煨木香(用纸襄煨过)。
补药中，少佐一些木香，可以免除滋腻，呆滞的弊病而增强治疗效果。例如香砂六君汤。归脾汤中都用了一些木香。
用量一般为三分至三钱。特殊需要时也可用至四钱。
肺虚有热、血分燥热，及虚火上冲者均忌用。
据近代研究报导，木香对副伤寒杆菌及一些致病性霉菌有抑制作用，并对胆绞痛时的脘腹胀痛、逆气攻痛等有效。
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