中药材的质量影响着临床疗效。据了解，目前我国中药材市场上药材存在的质量问题主要有以下几个方面：一是部分药材水分含量明显偏高、质地偏软。这类中药材极易发霉变质。二是一些中药材用硫磺熏过。三是用伪品代替真品。四是质量低劣品种数量众多。造成这些问题的原因以及管理的相应对策主要有以下几个方面。
规范药材种子市场管理
由于国家尚未上台中药材种子管理法规，致使中药材种子市场无章可循，管理不善，经营混乱。近年来，市场上经销的中药材种子质量低下，假种、劣种屡见不鲜，有的种子商将草木樨、苜蓿种子混充黄芪种子，野生豆科植物种子混充甘草种子等，在源头上制造假劣药材，也给农民造成了很大损失。
建议各级政府管理部门加强中药材种子市场管理，建立健全中药材种子流通体制，制订中药材种子管理规章，依法治理中药材种子生产、经营活动，充分发挥国有医药、药材主渠道作用，建议制订《中药材种子管理条例》等，对中药材种子生产、标准、经营、管理和法律责任等方面，做出法制性规定，使中药材种子生产和经营走向依法管理的轨道，从源头上减少假劣药材数量。
规范药材仓储与运输管理
长期以来，中药材多由产区农民以生产“农副产品”的方式进行栽培（或饲养），包装材料也多由产区“就地取材”选择使用。中药材种类繁多，价值相差悬殊，产区分布广泛，使用的包装也是多种多样。
目前，国内市场对同一种中药材没有规定统一包装，经营药材的专业公司，多数也未制订相关的包装标准。
有的药材因包装物使用不当，造成药效减弱、变化；有的药材因包装物潮湿破裂，或粘有剧毒农药、高效化肥，或附有虫卵霉菌，而产生第二次污染。所以，规范中药材包装，是提高储存期和运输过程中的药材质量的有效途径。
建议国家有关部门根据中药材的性能分类进行包装管理，明确药材进行包装后应有批包装记录，内容有品名（药材名）、批号、规格、产地、生产日期等，通过这些提高药材在储存期和运输过程中的质量，同时为中药材的货源跟踪管理提供便利条件。
规范经营管理
从基层监督检查情况看，中药材经营户和监管人员的监管均无章可循，城乡集市贸易市场中药材经营点普遍存在脏、乱、差现象，滞销药材随地堆放，不按药材性能要求储存、没有避光、通风、调温设备，这些问题的存在直接影响药材的质量。
所以需要国家有关部门尽快制订中药材经营的相关法规规定，以便让经营户和监管人员均有章可循，如借鉴《食品安全法》、《产品质量法》和《药品经营质量管理规范》对经营户要求建立台帐，设立产品名目标签、注明产地、年限，督促中药材经营户对仓库进行全面清理检查，发现霉烂、变质的中药材坚决就地销毁。
提高相关人员素质
明确从业人员的准入资格
我国中药材市场从业人员中初中文化程度占很大一部份，他们大多数缺乏法律意识和相应专业知识，由于法律意识淡薄，个别经营户为了追求不当利润，以国产冒充进口、以假充真，以非药用部分来替代药用部分，掺杂掺伪，人为制造假劣药材，由于缺乏中药鉴别的专业知识，尤其对药典收载的中药材的品名、性状不掌握，误将名称、功效相近的药材混用。如将广金钱草当做金钱草，将香加皮当做五加皮，将北豆根当做山豆根等等。所以为提高药材质量，应加强从业人员的法规意识培训和专业知识的学习，提高从业人员素质。省级以上药品监督管理部门要组织制订培训计划，保证中药材经营人员每年至少接受一次专业知识和药事法规培训。
加强专业技术知识培训
中药材、中药饮片的鉴别有其特殊性，很多品种凭肉眼就能鉴别，因此提高行政执法人员中药材、中药饮片的外观性状鉴别
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