清代以来，除上述分类之外，还出现了按经络、脏腑以至脉象对药物进行分类。以经络分类的，有姚澜的《本草分经》；以脏腑分队归类的，有凌奂的《本草害利》、江笔花的《笔花医镜》，他们先用脏腑分队，各队再按药性分补、泻、凉、温，再分猛将、次将；按脉象分类的，有龙柏的《脉药联珠•药性考》等。这些分类方法，虽以脏腑、经络为纲，但仍以药性为依据，故仍属药性分类法的范畴。这些方法，各有特点，由于它们与临床实践结合较紧，因而多为临床医家们所采用。
自然属性分类，是根据药物的自然属性对其进行分类的方法。《周礼•天官》中的“五药”,虽然汉代郑玄注为“五药：草、木、虫、石、谷。”但没有具体药物的归属。因此按自然属性分类的方法，仍应视为陶弘景所首创。他在《本草经集注》中，将《本经》、《别录》730种药物分为玉石、草木、虫兽、果、菜、米食及有名无实七类，这种方法，虽然较为简略，但却成为后世修订本草分类的基础。如唐代的《新修本草》、宋代的《开宝本草》、《嘉祐本草》、《证类本草》等综合性本草，都是以《本草经集注》的分类方法，加以扩充、增加而成的。直至明代李时珍的《本草纲目》，才对它作了全面和较大的改革。他提出了一套完整的分类理论。他采用“析族、区类、振纲、分目”的方法，以“各列为部，首以水火，次之以土，水火为万物之先，土为万物之母也。次之以草、谷、菜、果、木，从微至巨也。次之以服器，从草木也。次之以虫、鳞、介、禽、兽，终之以人，从贱至贵也。” 作为他的分类理论基础。将收载的1892种药物，先按“析族振纲”，分为16部，然后“区类分目”，按药物的形态、习性、生态环境和经济用途等，再分为60类。如草部又分为山草、芳草、隅草、毒草、蔓草、水草、石草、苔类、杂草；木部又分为香木、乔木、灌木、寓木、苞木、杂木等。建立起当时最为先进、比较完整的分类系统。《本草纲目》自然分类体系建立后，就成为传统中药自然属性分类法的典范。在其后问世的重要本草著作如《本草正》、《本草备要》、《本草纲目拾遗》、《本草从新》等，都基本上沿用它的自然属性分类方法。
随着现代科学技术的传入，中药新兴学科的建立，一些现代科学的分类方法也被引进中药的分类。诸如中药功效分类、药用部位分类、植物学分类、动物学分类、矿物学分类、中药化学成分分类等方法。近年所编辑的有关教材及书籍，多根据其学科的性质不同，而分别采用不同的现代科学分类方法。如现代的临床《中药学》，采用中药功效分类法；《中药鉴定学》采用药用部位分类法；《新华本草》、《中华本草》等综合性本草，则采用植物学分类法、动物学分类法等；《中药化学》就采用化学成分分类法。这些分类方法应用，都提高了它们的科学性和实用性。
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