近年来，在植物分类学与植物化学这二门学科间出现了一门新的边缘学科——植物化学分类学（P1ant chemotaxonomy）。它的主要研究任务是：
（1）探索各级分类群（如科、属、种等）所含化学成分（包括主要成分、特有成分和次要成分）及其合成途径。
（2）探索各种化学成分在植物系统中的分布规律。
（3）在以往研究的基础上，配合传统分类学及各有关学科，从植物化学成分的角度，共同探索植物的系统发育。
显然，这一新兴学科在认识植物系统发育方面有重大的理论意义，并可为有目的地开发、利用植物的资源、寻找工业原料等提供理论依据。例如通过对毛莨科与单子叶植物的百合目植物所含生物碱、甾体化台物、三萜化合物、氰醇甙和脂肪酸等五类化学成分的比较分析，发现二者具有很多类似的化学成分，有的成分甚至仅仅为它们所共有。联系到百合目与毛莨科的一些原始类群在形态和组织解剖上的某些相似性，从而认为二者有着十分密切的亲缘关系，即单子叶植物通过百合目起源于原始的毛莨科植物。这一研究结果在了解客观存在的植物系统发育的真实情况方面，具有一定的理论意义。
又如根据国内外在药用植物研究工作方面的大量实践、目前从中国药用植物中大致归纳出一些具重要生物活性的成分（生物碱、黄酮类、萜类、香豆精等）及药理作用的植物类群。由此可见，植物化学分类学是一门富有活力的新学科，它的研究成果值得药用植物学与药用植物化学工作者重视与运用。
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