《神农本草经》（简称《本经》）是我国汉代以前药学理论与经验的全面总结，也是我国现存最早的药物学专著。《本经》的出现为本草学的发展奠定了基础，为后世诸家本草典范，其后陆续出现了一大批优秀的本草著作，如梁代陶弘景《本草经集注》、唐代苏敬等集体所撰《新修本草》、明代李时珍《本草纲目》、清代张璐《本经逢原》等。《本经》对于中医临床的重要性不言而喻，正如清代陈士铎《本草新编》云：“人不学医，则不可救人；医不读《本草》，则不可用药。”
因《本经》年代久远，言辞古奥，义理深远，再加上目前学校中药学教材对《本经》介绍有限，中医执业医师、规培医师等各种中医临床考核也很少涉及相关内容，导致许多中医学子对《本经》的重视程度不够，以至于谈起麻黄功效时，大部分人只知麻黄可以“发汗解表，宣肺平喘，利水消肿”，而对其“破癥坚积聚”的功效置若罔闻；言及柴胡功效，只知柴胡可以“解表退热，疏肝解郁，升举阳气”，而对其“推陈致新”的功效鲜有人知。《本草新编》曰：“行医不读《本草》，则阴阳未识，攻补茫然，一遇异症，何从用药。”
近些年，经方研究受到学术界越来越多的重视，使得张仲景学术思想绽放新的光芒，但是也存在一些问题，如重视方证研究，而轻视医理思辨；重视方剂应用，而忽略中药考究。实际上，在研究方证的基础上应该更深入的研究其中的中药及配伍，而不能简单地运用《中药学》课本上的功效来解释张仲景的方剂。
从历史发展来看，张仲景所处的时代为东汉，同时期出现的《本经》对其临床组方用药有重要的指导作用，因此，我们用《本经》记载中药的功效和主治来解释张仲景《伤寒杂病论》中的方证则较为合理。清代医家徐灵胎《神农本草经百种录》言：“汉末张仲景《金匮要略》及《伤寒论》中诸方，大半皆三代以前遗法，其用药之义，与《本经》吻合无间，审病施方，应验如响。”中药专家祝之友教授也指出：“《伤寒杂病论》方证源于神农时代，《神农本草经》标志了经方的起源。要读经典，就要还原《伤寒杂病论》和《神农本草经》的本来面貌，就要注意以下两个要点：一、要以经方来解读《神农本草经》之功效主治；二、要用《神农本草经》之意来推衍经方之用与配伍。唯有如此，方能继承和正确解读经典之奥秘，阐明中医用药之准绳。”浙江中医药大学连建伟教授在《连建伟中医文集》中有专篇论述《本经》与《伤寒杂病论》的关系，可谓独具慧眼。
拿张仲景医书中使用频率较高的大黄来举例分析。大黄，《本经》云：“味苦，寒。主下瘀血，血闭，寒热，破癥瘕积聚，留饮宿食，荡涤肠胃，推陈致新，通利水谷道，调中化食，安和五脏。”张仲景用大黄治疗瘀血、血闭，代表性方剂有桃核承气汤、抵当汤、抵当丸、大黄?虫丸、下瘀血汤、大黄牡丹汤、大黄甘遂汤等。《金匮要略》中鳖甲煎丸用大黄破癥瘕积聚，椒苈黄丸用大黄治肠间有水气的留饮；《伤寒论》中大承气汤、小承气汤、调胃承气汤三方俱用大黄荡涤肠胃、推陈致新，清理肠中宿食。
同时，我们也需要认识到，《本经》距今有上千年的历史，内容有历史局限性，有些是不恰当甚至是错误的，这需要我们辨证的认识和学习。如《本经》总论讲道：“上药一百二十种，为君，主养命以应天，无毒，多服久服不伤人。欲轻身益气不老延年者，本上经。”上品药中记载丹砂（朱砂）“久服，通神明，不老”，细辛“久服明目，利九窍，轻身长年”，但随着医学的发展，我们知道朱砂、细辛均为有毒药物，临床需谨慎使用，更不能久服，即使是药食两用的中药，如薯蓣、大枣等，也不可以长期使用，否则会引起中焦气滞，导致脘腹痞满。正如《素问·至真要大论》所讲：“久而增气物化之常，气增而久夭之由也。”故临证和研究时，还是要辨证认识《本经》的内容，取其精华。
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