《金匮要略》以整体观念为理论指导，强调“治未病”是《金匮要略》的主要特点。在首篇（脏腑经络先后病脉证第一）的第一、二条，首先从《内经》“人与天地相应”的整体观念出发，指出了人与自然密切相关，人是在一定的自然气候环境下而生长的，如所谓“夫人禀五常，因风气而生长”。同时也指出了自然气候的反常，是人体发生疾病的外因，如所谓“风气虽能生万物，亦能害万物。如水能行舟，亦能覆舟。”人体本能的生理调节代偿减退，是疾病发生的内因，外因和内因之间，内困起着决定性的作用，如所谓“客气邪风，中人多死。”“若五脏元真通畅，人即安和。”“不遣形体有衰，病则无由入其腠理。”这和《内经》所说的“邪之所凑，真气必虚”“正气存内，邪不可干”之理是一致的。仲景认为是一个有机的整体，内在脏腑，外在经络，都有经脉相通，气血相贯，在生理情况下，可以朴素依存，朴素制约，谓之功能协调，协调则安，在病理变化时，可以互相影响，互相传变，谓之功能紊乱，紊乱则病，所以临床一切证候的产生，都是脏腑经络病理变化的反映。
对于疾病，指出必须以防为主，强调“治未病”是整体观念用于治疗的具体表现，亦即把预防为主的医疗观点，放到了头等重要的地位，这种“未雨绸缪”防重于治的精神，在临床确有很大的指导意义，同时颇具现实意义。
“治未病”是《内经》首先提出的。如《素问·四气调神大论》说：“是故圣人不治已病治未病，不治已乱治未乱，此之谓也。天病已成而后药之，乱已成而后治之，譬犹渴而穿井，斗而铸锥，不亦晚乎！”又如《灵枢·逆顺篇》说：“岳法曰：无迎逢逢之气，无击堂堂之阵。刺法曰：无刺熇熇之热，无枣漉漉之汗，无刺浑浑之脉，无刺病与脉相逆者……上工，刺其未生者也；其次，刺其未盛者也，其次，刺其已衰者也。下工，刺其方袭者也；与其形之盛者也，与其病之与脉相逆者也。故曰：方其盛也，勿敢毁伤，刺其忆衰，事必大昌。故曰：上工治未病，不治已病，此之谓也。”但《内经》所提出的“治未病”是指防病于未发之先，或者是指在治疗上治其始生，或邪气已衰之后。
《难经》中关于“治未病”在提法上发展了一步。《难经·七十七难》说：“经言上工治未病，中工治已病者何谓也？然，所谓治未病者，见肝之病，则知肝当传之与脾，故先实其脾气，尤令得受肝之邪，故曰治未病焉，中工者，见肝之病，不晓相传，但一心治肝，故曰治已病也。”本段原文是《难经》对《内经》治未病思想的具体解释和运用，并首先明确提出了肝病传脾，当先实脾，防止疾病的传变也是“治未病”。
《金匮要略·脏腑经络先后病篇》说：“问曰：上工治未病何也？师曰：夫治未病者，见肝之病，知肝传脾，当先实脾，四季脾旺不受邪，即勿补之。中工不晓相传，见肝之病，不解实脾，唯治肝也。夫肝之病，补用酸，助用焦苦，益用甘味之药调之。（酸入肝，焦苦入心，甘入脾。脾能伤肾，肾气微弱，则水不行；水不行则心火气盛，则肺伤；肺被伤，则鑫气不行；鑫气不行，则肝气盛，则肝自愈。此治肝补脾之要妙也。）肝此法，实则不在用之。”仲景的《金匮要略》在论述《内经》《难经》的基础上，对治未病的基本概念作了充分的肯定，同时，进一步把治未病与本病的关系统一起来，即文中所提到的“实脾”不仅仅是防止“肝传”，而且有治肝的作用在内，所谓：“此治肝补脾之要妙也。”这又是在《内经》《难经》的基础上，对“治未病”在认识上的一个重大发展。治疗杂病，既要重视当前症状，还要治疗未病脏腑，防止病势的发展。在临床确有很重要的指导意义。
临床如肝郁的病人，除症见胁痛外，可伴有胃胀，饮食不振或大便失常的临床表现。这是因为肝脉挟胃贯膈，肝郁犯胃乘脾的缘故（肝木克脾土）。即原文“肝当传之于脾”之意，所以，治疗时应在疏肝的基础上，兼以健脾，逍遥散为其代表方剂，方中用白术、茯苓的道理也就在此。
所谓“治未病”，主要意义一则为未病先防，另一则乃已病防变。中医学对疾病的发生，很重视人体的正气，认为在一般情况下，人体的正气旺盛，邪气就不易侵入，人体就不会得病。《灵枢·百病始生篇》说：“风雨寒热，不得能独伤人，猝然逢疾风暴雨而不病者，盖无虚，故邪不能独伤人。”也即《素问遗篇·刺法论》所说：“正气存内，邪不可干”。只有人体的正气相对虚弱，不足以抵挡外邪时，邪气才能乘虚而入，侵犯人体，发生疾病，这和《金匮要略·脏腑经络先后病篇》所说的“客气邪风，中人多死”，“若五脏元真通畅，人即安和”之理是一致的。未病先防，就是在未病之前，采取各种有效措施，从而积极预防疾病的发生和发展。
《素问·上古天真论》说：“其知道者，法于阴阳，和于术数，饮食有节，起居有常，不妄作劳，故能形与神俱，而尽终其天年，度百岁乃去。以酒为浆，以妄为常，醉以入房，以欲竭其精，以耗散其真，不知持满，不时御神，务快其心，逆于生乐，起居无节，故半百而衰也。”指出了调养精神形体，是增强身体健康，提高防病机能，减少疾病发生的重要环节。《金匮要略·脏腑经络先后病篇》说：“若人能养慎，不令邪风干忤经络。更能无犯王法，禽兽灾伤，房室勿令竭乏，服食节其冷热苦酸辛甘，不遣形体有衰，病则无由入其腠理”。内养正气，外慎风寒，以防止意外灾伤的发生。既是预防疾病发生的重要措施，也是“治未病”的主要精神。
预防疾病的复发，从广义的角度来说，也是“治未病”，例如《金匮要略·呕吐哕下利病篇》第十三条说：“呕吐原而病在膈上，后思水者，解，急与之。思水者，猪苓散主之”。本条因骨中停饮上逆于胸膈而引起呕吐，呕吐后渴欲思水，这是饮去阳复。病情好转的表现，所以说“思水者，解”。此时宜“少少与饮，令胃气和则愈”。如因思水而尽量与饮。如此，则因胃弱而不能消水，就有旧饮方去，新饮复停的可能。所以，预先给服小量猪苓散，猪苓散方中，白术健脾，茯苓、猪苓利水。白术与二苓同用，则能健运中焦，利水化饮，使中运复常，气化水行，则停饮尽蠲，渴呕亦止，续进新饮而不致复发。
已病防变，是防止疾病深入发展和恶化的治疗方法。如果疾病已经发生，则应争取早期诊断，早期治疗，以防止疾病的发展与传变。《素问·阴阳应象大论》说：“故邪风之致疾如风雨，故善治者治皮毛，其次治肌膨肤，其次治筋脉，其次治六腑，其次治五脏，治五脏者，半死半生也。”这说明外邪侵袭人体，如果不能及时诊治病邪就有可能由表传里，步步深入，以致侵犯内脏，使病情愈来愈复杂、深重，治疗也就愈加困难。因为人体内脏之间是存在着生克制化的关系，在正常时是起着朴素资生的作用，在病时往往又起着朴素影响、朴素传变的关系，正如《素问·玉机真脏论》所说：“五脏受气于其所生，传之于其所胜。”又说：“五脏相通，移皆有次。”因此，在防治疾病过程中，一定要掌握疾病发生发展规律，及其传变途径，做到早期诊断，有效地治疗，才能防止其传变。
《金匮要略·脏腑经络先后病篇》第二条说：“四肢才觉重滞，即导引吐纳，针灸膏摩，勿令九窍塞。”说明了早期治疗的重要性和方法意义。
《金匮要略·痉湿暍病篇》第十二条说：“太阳病，无汗而小便反少，气上冲胸，口噤不得语，欲作刚痉，葛根汤主之”，本条证以邪在太阳之表为主，故冠其名曰“太阳病”。太阳病，寒束肌表，卫气闭塞，故无汗。按一般规律，有汗则小便应少，无汗则小便应多，今无汗而小便反少。是在里之津液已伤。汗不出则邪气不能外达，小便少则里气难以宣行，势必逆而上冲，出现胸满之症，故曰“气上冲胸”。至于“口噤不得语”，是邪阻筋脉，势将强急成痉之兆，邪由经络侵入阳明，致阳明筋急，故“口噤不得语”。凡此皆欲作刚痉的前兆，若不及时预为防犯，必然向“卧不着席，脚挛急，必齘齿”之里热刚痉发展，故用发汗解表、升津液、舒筋脉之葛根汤兼泄太阳阳明两经之邪，乘其未盛而夺之，对于邪气方盛于表，欲作风痉之症，用之始方恰当，这是预防病邪由经入腑的例子。
《金匮要略·奔豚气病篇》第四条说：“发汗后，脐下悸者，欲作奔豚，茯苓桂枝甘草大枣汤主之”。本条的主要症状是“脐下悸”，所谓“脐下悸”即是脐下筑筑而动的描述，为水饮内动之征。故从脐下悸的症状来看，可以测知其人下焦阳虚，素有水饮，汁为心液，因发汗后心阳虚则饮邪乘之，水饮内动，以致脐下筑筑悸动有上冲，发生奔豚之势，故曰“欲作奔豚”，若不及时治疗阻断，则其气必“从少腹起，上冲咽喉，发作欲死。”致奔豚发作。故治以茯苓桂枝甘草大枣汤通阳降冲，培土制水，方中以茯苓利水逐饮，桂枝通阳降冲为主，同时苓桂合用能交通心肾。治疗悸动，甘草、大枣培制水，从中焦以制其上逆，甘澜水性行而不滞，徐忠可谓“用甘澜水，助其急下之势”，如此则水饮欲作奔豚可愈，这是预防病在脏腑间相传的例子。
《金匮要略》常提到“不治”“难治”等字句，如《脏腑经络先后病篇》第三条：“设微赤非时者，死。其目正圆者，痉，不治。”第六条“吸而微数，虚者不治，在上焦者，其吸促，在下焦者其吸远，此皆难治，呼吸动摇振振者，不治。”其主要意旨在强调早期诊断，及时治疗的重要性。提示若在病轻时失治，一旦病重危则难以挽回。
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