张志远认为，《周易》乃“群经之首”，通过研究大量的医书与《周易》的资料，明确提出“医易相关”“医之阴阳源于《周易》”的学术观点，并通过《周易》释疑中医古籍。
张志远根据前辈用药经验，把《伤寒论》的九十多味药重新根据其应用、性能、主要作用，总结出经方“十八罗汉”“四大天王”等。
张志远重视研究各家学说，考证人物，辨析学术渊源，提炼学术思想，对医家学术的辨析与验证，填补了不少空白。
张志远发挥“玄府”学说，阐发风药理论，在辨证内容与方法研究上有独到见解。
倡论“医易相关”说
第三批国医大师张志远深研经典，他认为，《周易》乃“群经之首”，通过研究大量的医书与《周易》的资料，明确指出，“医易相关”，二者具有密切的内在联系。其对中医学的形成和发展，有过重大影响。
张志远说，《周易》虽无阴阳二字，但其认识自然、分析事物的“两点论”却很科学，框定了中医思维模式。《周易》为中医的阴阳对立统一学说奠定了基础。它以乾坤为主，互为体用，衍化出许多卦爻。《周易》中“一阖一辟谓之变”的思想，可用于揭示事物的变化发展规律。因此，中医学把握了“调阴与阳，精气乃光，合形与气，使神内藏”总体原则。《周易》除了强调阴阳的对立统一外，也非常重视“三”的作用。《难经》受其影响，将两手桡骨动脉各分寸关尺，每部切诊浮中沉，与“三”相合。
中医学把乾坤、坎离的科学内涵应用到临床实践，体现在流行病分类方面，最突出的就是六经辨证学说。《内经》根据人体生理特点，结合病邪侵犯人体的部位、经络的病理现象，确定了外为三阳、内为三阴的模型。然而，由于这一论据比较原始，特别是日传一经之说不太符合实际情况，因此，遵之者甚少，并已逐渐为《伤寒论》六经含义所取代。时至东汉末年，人们通过临床实践发现，以六经作为表里的时间变化十分机械，以其代表属性反而比较恰切。可能基于此点，张仲景对六经的应用，虽上承《内经》之义，却不完全师法其说，而是在坎离二卦启发下，将水火含义注入六经，且赋予新的内容，根据流行病的症状分成阴阳二类，即太阳、阳明、少阳、太阴、少阴、厥阴。
研经典创立新论
张志远深入钻研中医经典，对《伤寒杂病论》喜爱有加，根据前辈们的用药经验结合自己数十年研读经方药物的心得体会，把《伤寒论》的九十多味药，重新根据它的应用、性能、主要作用，将经方中人参、白术、甘草、白芍、茯苓、柴胡、麻黄、桂枝、葛根、黄连、石膏、瓜蒌、半夏、栀子、白头翁、茵陈蒿、附子、大黄总结为“十八罗汉”，将麻黄、桂芝、柴胡、葛根称为“四大天王”等，对每味药物的来龙去脉、药性特点、文献沿革、配伍应用特点、主治病症等做了精到的发挥，认识药物透彻，应用药物准确，能大大提高临床疗效，具有重要指导意义和实用价值。如效法仲景，认为麻黄之功，平喘第一，发汗利尿居次，并灵活化裁麻黄经方。
研究各家重源流
张志远认为，各家学说虽重在研究医家，但不能孤立看待，当然亦不可专主学派。应考证人物、辨析学术渊源、提炼学术思想并举。对每位医家，应按其师承、私淑关系、学术倾向、临证特点划分流派，归于系统。
张志远对医家的生平、著作进行严格考证，填补了不少空白；对医家学术的辨析与验证，亦多精辟之论。如《成无己学术思想发微》《丹溪相火论评析》《论景岳阴阳观》及《张仲景<伤寒卒病论>考析》《吴塘生平史略》《温病学派大师叶桂》《张锡纯用石膏》等论文，均是其悉心研究的成果。尤其重要的是，张志远强调临床实践乃研究各家学说不可或缺的途径。因前人的理论、经验均来自实践，只有在实践中才能理解、运用，并判断其正确与否，才能进一步发展它。
发挥“玄府”学说
玄府一词始见于《内经》，原指汗孔。刘河间认为，中风的病机关键在玄府闭塞，气血不通，神机不遂，轻者可自行恢复，而重者可致死。但此说并未引起后世医家的重视。张志远曾结合刘河间中风病玄府学说对中风的相关问题作较为深入的分析。第一，体质差别与中风发病有密切关系。中风病患者的体形肥瘦是由气血虚实所决定的，其发病亦责之气血不能宣通，而且肥人中风发病率高亦与此相关。第二，以筋脉缓急辨病情。中风，口噤，筋脉紧急，是“由阳热暴甚于内，亢则害，承乃制，津液涌溢，聚于胸膈，热燥以为痰涎。”中风筋缓“因其风热胜湿而为燥，乃燥之甚也……”张志远赞同刘河间指出的“筋挛易愈，筋缓难复”之说。
张志远治疗中风病，承袭刘河间宣通玄府，开发郁结之法，用药以辛散结，令郁结开通，气液宣行，并以寒药佐之。张志远还重视从中焦论治，强调“泻其脾胃土之本”的治则，驳斥肝实忌泻，脾为中州当温，推崇仲景调胃承气汤急下之法。因通腑攻下有开通玄府的作用，且较辛温发散之开通玄府力量为强。由于目的在于开通“玄府”而不在于下燥屎，故运用指征不拘于大便之结硬与否。
张志远习用的方药，以刘完素经验为法，如认为小续命汤(《备急千金要方·卷八》)，治疗急性脑血管病是有其理论和实践依据的，不可谓其治风而弃之不用。
刘河间指出耳聋的病机关键在于听户“玄府”闭塞，肾中精气不能上濡，耳窍失养，临床见证虽有虚实之分，治疗方法亦有补泻之别，但其要在一“通”字，即开通听户玄府，以畅通精气，耳窍得濡，则耳聋、耳鸣自止矣。张志远以刘河间耳科玄府理论为指导，以开通听户玄府为法，在《普济方·卷五十三·耳门·耳聋诸疾(附论)》通气散和《医林改错》通气散的基础上，立加味通气散治疗耳鸣、耳聋。
阐发风药理论
传统意义上的风药，多指用以祛风的药物，如防风、羌活、独活、荆芥、苏叶、菊花、白芷、薄荷、天麻、柴胡、葛根、川芎、蔓荆子、藁本、辛夷、蝉蜕、苍耳子、天麻、白蒺藜、僵蚕、细辛、威灵仙、稀莶草等。其中以防风、羌活、荆芥为代表。张志远认为，由于风有内、外之别，所以治风的药物亦应包括平熄内风药，如羚羊角、牛黄、钩藤、天麻、地龙、全蝎、蜈蚣、僵蚕等。因此，风药是指在传统中医理论指导下，主归肺、肝经，功能祛除、疏散外风或平熄、搜剔内风，主要用以治疗风病的药物。
风药多味辛，“辛甘发散为阳”，故有发散的特点，可以散邪、搜风、透关节、通窍。风药部分味咸，因“咸能熄风”，如羚羊角、地龙、僵蚕。个别味甘、苦，如天麻、钩藤、牛黄。风药之性有温凉之别，但平性居多，少有大寒、大热者。部分熄风药性偏寒凉或温燥，应注意区别使用。总之，风药性味多为辛温或辛凉，辛温如防风、威灵仙、蜈蚣、仙灵脾；辛凉如薄荷、桑叶、前胡、凌霄花，很少有辛热或辛寒的。
关于风药的升降浮沉，张元素谓“风升生”，李时珍谓“辛甘无降”，风性轻扬，高巅之上，唯风可到，风病亦多在上部。风药大多体轻属阳，善于升浮上行，有升举阳气、升散郁火、宣通官窍、引药上行等功效。
风能胜湿，风药多有燥性，故不论内湿、外湿，常用风药以燥湿。虽然秦艽有“风药中润剂”之称，只说明其相对于其他风药燥性略逊而已。同时，湿为有形实邪，对湿遏气血者，风药既能燥，又疏畅气血，相得益彰，如完带汤之用芥穗。在历代文献中常用走窜、动静、刚柔、猛缓、敛散、滑涩、轻重等描述风药。这些性能相互之间多有密切联系，如风药多辛，辛与燥、散密切相关。
风药总为祛除病邪，平其亢盛之药，属于“泻”的范畴。但风药有宣散之功，引而行之，行散补益药，可增加补药的疗效。
张志远不仅理论上有建树，而且毕生重视临床，善于师法古人而勇于创新。不仅对妇科有独到经验，内科证治亦多体会，如学习喻昌“大气论”及张锡纯“升陷汤”法，自拟通阳解蔽升气化痰蠲饮汤（黄芪、肉桂、苍术、茯苓、薤白、柴胡、升麻），用治大气不足、痰饮凝集之胸闷下泻，疗效显著。其它如在治疗冠心病、高血压、肾炎、尿毒症等方面均有特长，还在临床实践中体会到，张介宾将六味地黄丸去掉三泻为纸上谈兵，不足为训，如此之类，皆足资后学借鉴。
辨证内容与方法的研究
张志远认为，中医学有三大特点，一是整体观念，二是预防思想，三是辨证施治。辨证和对症治疗不同，有本质上的区别，它不只是针对一个症状或证候群，而是全面地概括了产生疾病的因素和条件，结合不同类型的体质所表现出的各种征象，主要是研究人与病两个方面。
辨人体——健康差异
体质差异决定疾病易感性、疾病类型及病理演变趋势，感受病邪会出现不同反应。例如，两个病人同患感冒，均属外感风寒引起，但临床表现并不尽相同，体质较强者，多数脉紧无汗，为表实证；体质虚弱者，则脉缓有汗，为表虚证。在处理时，就要采用不同的治疗方法，表实的应给予麻黄汤，表虚的则给予桂枝汤。一个是发汗解表，一个是调理营卫。
辨环境——季节地区
外界环境、季节、地区的不同也影响着人体生理活动和病理变化，如忽视了这一因素，就离开了辨证的准则，不仅难以收到治疗效果，还会造成医疗差错。例如，同属风寒感冒，无汗的表实证，均可使用麻黄汤，但在南方温带的上海给予6克麻黄就可以达到解表目的，在接近热带的广州，一般只用3克左右。相反，在寒冷的北方如辽沈等地区就需投予12克，有时服用15克才起发汗作用。季节关系也很重要，以济南地区来说，冬季风寒感冒之人，经常用9克麻黄，在夏季只6克麻黄也会出大量的汗，有时不用麻黄，6克香薷也能解除表邪。
辨病因——邪气影响
识别致病因素，是辨证的环节之一。六淫七情，跌打损伤，虫兽叮咬，都是常见的。只有找到病因，才能进行根本治疗。头痛治头，脚痛医脚的对症疗法，是不符合辨证要求的。如头痛原因很多，有外感风寒，有肝阳上亢，还有痰火导致的，治疗的方法各异，不能一味应用藁本、川芎。对感冒病人亦应追寻病因，辨别风寒、风热。风寒感冒与风热感冒虽
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