1930年代中期以前，是民国中医学校办学的高潮，但战事一起，学校无不受到冲击。但各地中医药界人士仍想方设法利用条件，坚持办学。
上海各校孤岛办学
1937年日军进攻上海，淞沪抗战爆发。英勇的中国军队抗击日军数月，后来不幸陷落。不过由于上海租界在外国管治之下，暂时未受波及，成为避难之所，当时都有“孤岛”之称。当时，不少中医学校迁入孤岛，坚持办学，继续培养医学人才。
战乱初起，办学最久的上海中医学院即通知学生改到租界的珊家园开学，不久又搬到国医大厦，同时附设的华隆医院也位于法租界内。在战乱中该校仍保持了200多人的规模。当时的办学条件艰难，全赖院长丁济万独力支撑，何时希回忆：“尤可佩者为院长丁济万师，当日寇纵横之际，虽各地人口散沪，又值灾乱，疾病蜂起，丁师医务鼎盛，然中医学院先由老西门迁至天津路，又迁成都路，物价腾涨，教师俱是同学及弟子行，都不便为生活而启齿，然不能不为及时调整薪水……而求无不应，此诚作育人才之苦志，及体贴人情之慷慨，试思1938--1945年八年间，独立支撑，艰辛竭蹶，诸同事亦共济同舟，休戚与共，此种办学精神，值得大书一笔，以存历史。”
另一所中医学校上海中国医学院，在原闸北的校舍失陷后，不久也在租界也择地恢复办学。并且规模也逐渐壮大。但学校也存在经费问题，合资主办者马问我、朱文明等人因经费不足，将学生们交纳的学费和食宿费分掉，院长秦伯未愤而辞职，学生频频集会抗议。1940年5月，由该校毕业生组成的中国医学院毕业同学会以吴克潜为首组成“中国医学院护校委员会”，代理学院的各项行政工作，后朱鹤皋受邀出任院长，积极筹集经费，整顿院务。虽然条件简陋，有时甚至要在天井搭帐篷上课，但终究能维持办学不辍。
另一间上海新中国医学院在朱小南主持下也在租界坚持了下来，朱小南在为毕业生致辞时说：“吾人生不逢辰，罹兹多难。兴邦之责，所在攸归。……诸生研习医学，与其局促于孤岛，曷若效力于后方。盖值此大战孔殷之时，各地灾黎遍野，疾病尤多，医药救护，确实需人。诚能决心奔赴，定供不应求。”（《新中国医学院第三屈毕业纪念刊序》）鼓励学生到后方效力。
除了老校，孤岛时期还有时逸人先生新办的复兴中医专科学校，张赞臣创办的上海国医专修学校等。
广东与香港坚持联合办学
1938年10月广州沦陷，广州众多中医学校流散到香港，有部分继续办学，其中以广东中医药专门学校规模较大。因为该校本来就是香港与广州两地药商联合创办的，两地校董各占一半。尽管该校在广州的学校和医院所有设施均损失迨尽，但到港的教员和学生不少，港方校董认为学校就此中辍的话太过可惜，于是慨然负担经费，着手在港复校。当时租得跑马地礼顿道37号为校址，是年1939年3月开始复课。学校不但招回流散学生，允许已届毕业同学补考，还招收新生。学校并增设全免费、半免费学额数十名，学校指出：“当地国难时期，莘莘学子，多从内地而来，而港币与国币之比率，相去甚远，以目前征费折合国币，殊令人咋舌，是以一般青年虽有向学之心，而无缴费之力，望门兴叹者比比者。我校此举，是不啻予贫苦学子以深造之良机也。”这全赖港方药商经费支持。学校采取灵活办学机制，招收各类插班生，学制仍为五年。此外又特招旁听生，凡有医学常识者，不限年龄，不拘性别，均可投考，修业以一年为限。该校复课后，“新旧同学，负笈而来者，至为踊跃。人数虽稍逊于从前，而教授与同学间之感情，研究者与指导者之恳挚，实所罕觏。盖当此抗建时期，学者固欲学成致用，而教者亦欲为国育材也。”
医学校须有实习场所，加上“难胞之来港，以地土关系，常易染病，求医购药，所费不赀，中下之家，张罗匪易”，于是港方药商出资设立赠医处，设内、外、伤科，由学校教师担任诊症，同学轮值到所实习，每日求诊者达百数十人，“如是则学生之获益固多，而造福难胞亦不浅也”。
然而好景不长，1941年12月，日军攻陷香港，学校再度停办。但校董们矢志办学之心不渝，1944年计划到战时广东省会韶关复课。可惜6月日军发动“豫湘桂战役”，连克河南、湖南，韶关告急，政府部门及民众紧急疏散。复课之举告停，抗战胜利后才回广州复校。
四川国医学院后方育英才
四川国医学院的前身是1925年益中医学讲习所（后改名四川中医学院、四川医学院），1936年起由中央国医馆四川省分馆主办，改名中央国医馆四川省分馆国医学院。学校原址在成都何公巷，后迁兴禅寺街。抗日战争全面爆发后，作为大后方的四川虽未沦陷，但也不时遭遇日机轰炸，于是学院迁至成都郊外的元觉庵。
在战时艰难的条件下，学校搭草房办学，学生宿舍、教室、办公室均设林中。师生不畏艰苦，刻苦学习，学校也名师荟萃，有李斯炽讲《金匮》，承淡安授针灸等，值得一提的是，著名中医彭子益在该院开设中医系统学课程，这是其他学校所无的。彭子益清末在太医院当医师，清亡后，受阎锡山聘请他到太原讲学，开始形成他的“中医系统学”思想，后来到南京中央国医馆任职并开办研究班，南京沦陷后回云南开办两期中医系统学特别研究班，进一步完善理论，据载他“口讲指授，罄其蕴而后已，犹不自满。假敌机袭省垣，身外物不顾，独于讲稿珍之若性命。暇辄力加修改，期于至当，为滇医界树百年大计”。最终到四川教学期间，彭子益完成该书的系统著述。1940年他在四川国医学院定稿时说：“系统的古中医学一书……于民国八年，受太原中医改进研究会聘充理事并系统学教授后编成以上各篇。民国二十五年(1936年)，经陈立夫先生函荐，中央国医馆焦易堂馆长聘充本馆编审委员会系统学专任委员。兼附设特别研究班系统学教授，本班新旧同学，一致赞成。继于昆明、成都教授时，又有增修……以竞全功焉。”
四川国医学院还设有简易诊疗所，并定时在临近场镇茶馆里摆摊应诊，免费为群众治病。在抗战期间，该校共毕业五届学生122人，1945年该校暂告停办。后来1946年再复办到1949年为止。
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