日人访书有传统
近代以来，日本一直注意收集购买中国的古籍文献。例如日本静嘉堂岩崎弥之助从1892年前后开始搜集中国和日本的古籍，其子岩崎小弥太扩充藏书，中国藏书家陆心源去世后，其皕宋楼所藏宋元版刻本和名人手抄本4146部 43218册就被岩崎购得，运往日本，成为静嘉堂文库的基本藏书，其中有不少珍刊医书。后来商务印书馆的张元济也得向静嘉堂求助说：“敝馆藏有元刊《济生拔萃》，与静嘉堂藏本相同，敝处所藏缺去《鍼经节要》《洁古云岐鍼法》《洁古家珍》《保婴集》四种，敝国各公私藏家无可借补，拟同时向静嘉堂影印。”
日人长泽规矩也1923～1932年期间，先后7次到中国访书，买到不少珍贵古医书，他记载：“前一年，我受武田长兵卫君的委托，在北京琉璃厂的旧书店给他买了一部宋版医书，这件事民国方面不知道，可是我回川后，似乎北京图书馆知道了。所以次年我到杭州、南京、苏州等地访书时，北京图书馆的赵万里君总是走在我的前头等着我，这也是由于我的疏忽，把我的行程告诉了北京的缘故，因此我到任何一家旧书店也看不见宋元善本，结果毫无所获。不料有一天在苏州护龙街的一家旧书店架上，标有金陵小字本的《本草纲目》赫然入目，这使我大吃一惊，仔细观察，确是中尾博士所说的金陵小字本，而且标价只十元，于是立即照价买了。”长泽买去的还有宋刊本《备急总效方》等。中国学者虽然注意防范，仍然不能避免书籍流失。
满铁搜购中医书
日本也一直在东北搜集书籍，满铁（南满洲铁道株式会社）在1906年成立了一个调查部，搜集资料和情报，1918年以该调查部图书系为基础成立满铁大连图书馆，还有铁路沿线成立多个图书馆，出台《各馆搜书分担协定》，继续大量收集中国资料。1929年，在北京的意大利人劳斯有意其在中国三十多年来收藏的文献，“当时现任满铁副总裁为松冈洋右，他考虑到中国政情不稳，担心一些贵重的汉籍流失难以搜集。所以，此时让大连图书馆搜集保管汉籍是适宜之际，并酌情考虑拨出购书经费十万元”，购书一行不但购入劳斯所藏的珍贵地图文献，而且在北京各书店大量购书，“在北京购入的汉籍约有三万册及海源阁所藏的宋刊本，珍稀、罕见的书也不少”。抗战后期满铁仍投入大笔经费购书，满铁调查部1944年称：“有关贵重汉籍在去年度预算25万元，购入华北满洲藏书家出售的文献，约14500册成为大连图书馆的藏书。也因华人近来生活困难，把秘藏的书籍通过书市希望出卖。此时能得到各种文献，现下不失为最好的机会。”
满铁1929年所购的书中包括有古代医书1500多种，7000多册，全部寄存在满洲医科大学，该校于1931年成立了中国医学研究室，1933年改称东亚医学研究室，1935年升格为所，编订有“中国医学书目(1931)”和“续中国医学书目(1941)”，1941年统计有医书2474种，1945年则达3000种。其中包括珍贵的元印《圣济总录》残卷、明·赵开美版《仲景全书》等。
由于日本战败投降，满铁各图书馆藏书大部分留在中国，1955年中医研究院成立后，从沈阳医学院（原满洲医科大学）调拨了大批中医书籍，成为该院图书馆的基础。
涵芬楼善本被焚
1932年“一二·八”事变，日本侵略军侵占上海，焚毁了远东著名的“东方图书馆”。东方图书馆是在“戊戌变法”以后，张元济先生所创。张氏到商务印书馆后，即着手于藏书事业，于1905年前后，特辟“涵芬楼”以收藏珍贵书籍。商务印书馆后来影印《四部丛刊》《续古逸丛书》等，大半取资于此。《四部丛刊》初、二、三编中有医家类九种，其中包括《重广补注黄帝内经素问》、《黄帝素问灵枢经》等唐、宋至明代的古医书。1923年商务印书馆成立“东方图书馆”，“涵芬楼”改为专门珍藏宋元明旧刊、抄校本，名人手稿及其未刊者之善本。
“一·二八”事变爆发后的次日上午，日军飞机轰炸商务印书馆，位于宝山路的总管理处、编译所、印刷厂和仓库等皆中弹起火，东方图书馆也被殃及。2月1日，日本浪人潜入东方图书馆再次纵火，最终使馆中全部藏书化为灰烬。浓烟遮蔽上海半空，纸灰飘飞十里之外，火熄灭后，纸灰没膝。该馆全部藏书46万册，包括善本古籍3700多种等毁于一旦，其中子部（内含医书）善本被毁876种，共8438册。
所幸的是，早在1924年，由于时局不稳，张元济曾选择宋元精本574种移藏金城银行保险库，此次得到幸免。张元济后来整理了《涵芬楼烬余书录》。在医书方面，与《涵芬楼原存善本草目》对比，前者仅有14种，后者则有39种，可见损失甚大。像原藏中的《素问》与《灵枢》明赵府居敬堂刊本、《政和本草》金刊本等珍本，均未见于《烬余书录》。
医书散毁空叹息
七七事变后，南京沦陷时，不少医书遭抢掠或烧毁。家住大石坝街50号的老中医石云轩家，医书收藏丰富，仅珍贵的宋版医书就有十几部。此次家中被日军抢掠后又放火焚烧，损失惨重，据回忆：“我父亲的好友石凌汉（字云轩），是南京有名的中医、词人，原住在大石坝街，家中藏书极多。他住的房子最后一进是三大间‘河厅’，全是书房，其中一间放有写字台起座读书，四周全是书箱、书橱。他的藏书中有多种医书孤本和孤本词集。南京沦陷后，日本人派专人把石家洗劫一空，临走时还放火把房子烧掉了。石家的损失比我家更大，尤其是他的那些医学书籍非常珍贵，求之不易。”（仇良矩《日军在南京民间的掠夺罪行》）战后其子石筱轩申报的损失包括“名贵书籍4大箱”。其他还有中医葛蔚堂的诊疗所损失古书和医书155部，卢浦生损失医书8箱、《保赤要言》1部，郭宝璨损失医学丛书60部等。
而南京市公立图书馆及各大学图书馆的藏书也被日军劫掠，战后追讨时有的已下落不明。
此外，杭州藏书家钱正卿收藏善本医书及历代名医手抄本医书甚多，裘吉生编选《珍本医书集成》时，曾向他求书，如《类经纂要》注明“浙中钱正卿名医藏本，罕见流传，遂向借录，辑入集中”，《幼科类萃》称“书为钱正卿名医所藏。因世少传本，爰为假录刊行”。但杭州沦陷时，钱正卿的开元路寓所为侵华日军占为兵营，藏书被偷窃一空。
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