如果说适当吸收西医解剖生理知识人们还能接受的话，取消中医病名肯定使中医临床无所依傍，因此这份病名方案激起的反响远远超过《整理国医药学术标准大纲》，而且基本是骂声一片。
病名是与医学各方面的知识相联系的。我们可以举一个例子，比如西医病名“肺炎”，既然是炎症，就要查明是什么病菌引起的，什么药物能杀菌……中医临床完全不是这种思路，同样的病人可能根据其最主要的症状命名为“咳嗽”或“喘证”，然后辨明是寒性还是热性，采取不同的中药来调理。这些中药不一定具有直接杀菌作用，但正像民国时东莞中医卢觉遇所言：“中医虽不知有菌，不知治菌，而治法能补助人体自然疗能，以透彻病根，排除病毒，使生理机转归于正规状态，故能收根本治愈之功。”
1933年6月25日，上海国医分馆推举秦伯未、严苍山、张赞臣、吴克潜、盛心如组成研究会，专门研究国医馆统一病名草案，3天后，诸委员均以该草案殊多窒碍，全体辞职以示抵制，并在代表上海国医分馆拟具的意见书中，提出了尖锐的疑问，这些都是直接影响到具体临床操作的疑问，击中了问题的要害。
面对强烈的反对意见，当年11月中央国医馆只得通电全国中医团体收回建议书，同时将主要撰稿人陆渊雷等免职，另聘陈无咎、随翰英、周柳亭、黄谦等组成“编审委员会”。编审委员会由陈无咎草拟内科器官系病名草案，并特聘张赞臣、余无言分别拟定内科组织系和外科病名。这三部分都以中医病名为主。修改后的草案于1934年11月公布，反应远较前次平静，获得不少赞同的声音。
通观国医“科学化”的各种主张，从积极方面说，它确实是国医馆得以成立和争取政府和社会支持的安身立命之本。但如何“科学化”，则是非常复杂的学术问题，不是单凭愿望能够达致的。而在另一面，“科学化”也并不能消弭反中医者的敌意。反中医的学者傅斯年对这种“科学化”就不以为然，他断言“国医根本没有谈科学的本钱”。
由此可见，以国医馆为代表的中医改良者向“科学”的妥协，并未换来自命“科学”的西医的青眼，相反却失去了不少中医的支持。在把握学术发展方向方面，中央国医馆陷入了彷徨之中。
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