自明朝洪武到嘉靖，帝王崇道，长生成仙的思想在统治阶级中极为盛行。特别是嘉靖皇帝明世宗朱厚熜，身为一国之君，沉溺于长生之术，不理朝政，却以高道自居。号称“灵霄上清统雷元阳妙一真君”，封方士陶仲文为“神霄保国、弘烈宣教、振法通真、忠孝秉一真人。”其周围聚集一批有神通的方士，炼丹修仙，推选长生之术。由此上行下表，各地官吏、富豪亦是闻风而事。全国各地宫观遂皆设坛炼丹。
蕲州玄妙观作为当地有影响的道观，自然成为方士炼丹的重要场所。他们在观内掘了一口水井，专供炼丹之用，曰“丹井”，旁有一“丹炉”。以丹砂、水银、硫黄、铅锡等矿物质为原料，每次一炼丹，大街小巷就弥漫着难闻的气味。但方士们却鼓吹这是在炼令人“长生不死”“羽化登仙”的仙丹妙药。李时珍目睹人们因服用丹砂而致残致死的惨状，对这“祸国殃民”、“劳民伤财”的行为，蛊惑人心的宣教深恶痛绝。
李时珍坚持朴素的唯物主义思想和实事求是的科学态度，查阅了大量文献资料，对“仙丹”外服成仙的谬论进行了坚决的批驳。李时珍在《本草纲目》中辨之曰：“水银乃至阴之精，禀沉着之性。得凡火炼，则飞腾灵变；得人气熏蒸，则入骨钻筋，绝阳蚀脑。阴毒之物无似之者。而大明言其无毒，《本经》言其久服成仙，甄权言其还丹元母，《抱朴子》以为长生之药。六朝以下贪生者服食，致成废笃而丧厥躯，不知若千人矣。方士固不足道，本草其可妄言哉？水银但不可服食尔，而其治病之功，不可掩也。”
同时，李时珍引韩愈之说举例驳之，他说：大学士李于遇方士柳泌，柳泌给了他用铅烧炼的丹砂，服后下血，4年后便死了。韩愈亲眼看到服食丹砂而致死的就有六七人。有个叫归登的朝廷工部尚书，自服了丹砂后便得了病，感觉身上像有一根烧红了的铁棍从头顶到脚板不住地烧烫。他痛苦狂号，不几天就死了。殿中御史李虚中，服食丹砂后背上长疽而死。刑部尚书李逊临死前，心里明白自己是因服丹药受害的，便对韩愈说：“我为药误矣。”工部尚书孟简获得一些丹砂，分了一半给韩愈，还说：“我得到秘药，不可我一人长生。”韩愈未敢服用。后得知孟简一年后得病而亡。
李时珍以这些前人服食丹药的惨痛教训告诫群众。他认为：“其说盖自秦皇、汉武时方士流传而来，岂知血肉之躯，水谷为赖，岂堪金石重坠之物久在肠胃乎？求生而丧生，可谓愚矣！”
李时珍对方士炼丹的批判，是对方士的理论依据和行为有了充分认识之后才提出来的。其理论受到了朝廷的重视和社会的广泛认同，因此，在后世产生了深远的影响。
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