证精确力挽沉疴。如《北案》第七案，何相国芝翁，脾气素弱，偶感风寒且痢，日下三十余次，头腹痛身发热，诸医议论纷纷：如急欲解表而腹病不可缓；欲先利腹而体弱不易下。案主诊脉，见人迎气口皆盛极，认为应先开鬼门，之后去菀陈莝，必须先解外邪，否则风寒传入体虚日伤元气，则导致解之不能下之不敢，非佳候也。遂力主先汗后下。众医闻听，惊疑半之。案主先投葛根羌活柴胡升麻等解肌之品，后用大黄为君，当归白芍为臣的导气汤一剂，滞气尽下而痢止。又如《北案》第二十九案，太学蒋麓亭病，诸家以为是伤寒，治疗罔效，已备好衣棺，延请案主诊治，按六脉尚有根但虚弱，病者角弓反张，搐搦，面垢不言，望而知之非伤寒乃暑风。即令疾者卧地，洞开户牖，先进六一散，以新汲井水和下，再以黄连香薷饮一剂投之而全愈。案中，案主或以对理论的精湛把握而获效，或用方得宜而收功，也有家传秘方和绝技而起死回生者。如《北案》第十四案，是多年复发舌下泡起之病，诸家以犀角地黄汤泻心火为治不效，案主据脉判为命门真火，以《难经》泻南补北之法，滋肾清脾补坎水，坎水上升，离火自降，而愈。又如《北案》第十六案，以羌活柴胡升麻等剂开鬼门，治小儿高热惊厥已十四日者，一剂见愈。《北案》的三十三案，以甘温除热治产后发热，第三十六案以二陈汤治癃闭。案主在《北案》第二十三案以开胃补命门治阳痿，第二十八案提出因气有余便是火，故妊娠下血不宜补气。等等。案主用家传秘方甚多，《北案》第二案有千金化痞膏，治痞证履验。第八案的琥珀丹治痰滞诸痛。第十三案的催生散秘方，治难产使产妇母子平安。用火针治内痈是案主的家传绝技。腹腔内之脓肿，包括肝痈、肠痈等，统称内痈，危重而常致患者死亡。《北案》第三十九、四十、四十一案，即是运用火针治此急危证的案例。其中也显现了古代中医治疗急腹症的智慧。
纵观《两都医案》，可见案主倪士奇的学养和医术，其文笔通明流畅典雅，他的医案简直是一篇篇散文，无需注释，体现了医内功夫和医外功夫，他的友人将他与宋代庞安时相比，其医术精湛绝伦，正如《吴光仪序》中所言：“俦急而缓，俦缓而急，用奇而奇，用平而奇。盖非学术之独优，抑其胆其识有以，大胆人之心焉耳。”案主托于医以自行其志。他以儒医通天地人自况，其医案南北两集共七十二则，应天文之数七十二，合于术数。颇为有趣的是，他把当年在关帝庙求时的籤词也记于本案。诗曰：“一纸官书火急催，扁舟速下浪如雷，虽然目下多惊险，保汝平安去复回。”倪士奇认为，他的先人令他学医和传授他火针，都是与先圣“通灵入化”，故以此作为医案之殿。然而从他的经历和展现的学术看，虽非“医术神授”，但也确实具有传奇性，在他成为名医的诸多因素中，家学的承传当是第一位的，其人其术都已经达到相当高的境界了。
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