《两都医案》两卷，明代倪士奇撰。因其上下卷分载的是在北京和南京的治案，分为北卷和南卷，故尔又称“南北医案”。刻于明亡之前。孤本现藏于浙江图书馆。
作者倪士奇，字复贞，今江苏镇江南徐人。其先祖在宋室南渡时即为京口之名医。宋元明三朝世代承传。倪士奇在《自序》中将自家的医业相继与龙门司马迁家世代执太史业相比堪。其祖父倪龙山曾遇异人传授针灸之术，其父倪小龙行医淮海也誉满当地，之后定居扬州。倪士奇兄三人，兄倪士英、弟倪士彦以医为业。倪士奇自幼习儒，曾游泮宫。但他在十二岁时的一次偶然，竟显示出具有明医悟性的资质。当年，乃父的友人因家中有病人前来延医，倪士奇在父亲外出的情况下，居然询问病情后，断为阳明经证，设大柴胡汤以济急，病家也略通医学，取仲景书阅之契符，遂用药一剂而愈。经此事后，倪士奇有不为良相愿为良医之志。又特到关帝庙求卜也应合。此后以八年时间读《素问》等医经和百家秘典。其父仙逝后便转归京口行医十九年。在天启元年（1582），因治好大司空王公奇的病而被推荐进京，在武英殿任秘书之职十年，于崇祯三年出京南游数处名胜之地，又在南京行医六年，之后又回老家镇江行医著书。
医案在中医学术中具有“宣明往范，昭示来学”的价值。早在《周礼·天官·医师》就记载了凭医案考核医生的医事制度。在《左传》和《史记》等史书中也记有医案。西汉医学家仓公淳于意以其“诊籍”奠基了医案之学。宋代许叔微的《伤寒九十论》是为最早的医案专著。在倪士奇生活的明代，不仅医案著作丰富，而且发展成为独立的医案学。韩懋在《韩氏医通》中提出了“书案六要”的医案格式；吴昆在所著《脉语》中，提出了“八书”的记案规范；张介宾在《景岳全书》中述有《十问歌》，使问诊条理化、歌诀化。医案以其凭据性、理论性、启导性和文学性受到习医、业医、研医、慕医者的喜爱。医者立方，先必立案。有习研者甚至认为“读经不若读案”，倪士奇为儒医，在行医中养成了记案的习惯，他的医学思想和辨证论治的理路，也都凝结在这部《两都医案》之中。这部医案能流传下来，也是中医学术之一幸事。
《两都医案》采有顺叙式的写法，病家的姓名、身份、发病和治疗过程及用方用药记载详明，案主在用方用药之前皆述之以理，诚如《南卷·韩序》所言：“辨证察脉明晰，立法灵清，不事冗杂，单刀直入，尚属可师。”但其治病，绝不止于“按脉议方，按方治病”，而是“尽翻世医之案”，却违而不犯，和而不同，以其有胆有识，突破习见，知机妙用，疲癃可起，夭死可苏。《两都医案》中《南案》三十一则，《北案》四十一则。包括伤寒、杂病、妇科、儿科、外科和针灸。从辨证识方看，案主无门派之囿，也不存在治病在北方有效到南方就失灵的问题。纵观各案，案主重视切脉，脉理精深，脉法卓绝。如《南案》第一案，诊大司空郑公之续弦，十年不育闭经已四月，诸医皆按癥瘕或痞证论治，案主诊脉为“左手寸脉数大，右手寸脉细实；左关脉洪大，右关脉雀啄；两尺脉俱旺”，判为“真胎脉也”。郑公笑曰：“十年不生安得有此”，案主则断然曰：“不但是孕，敢保弄璋（男胎）无疑”。遂用养血调气安胎之药，一剂胸膈宽饮食进，二剂胎气动子母俱安。又如《南案》第五案诊左公夫人饮水即吐粒米不咽者，诸医皆云是隔症，技穷莫措，案主凭脉断为恶阻，作胎气治，病愈后果生一女。《北案》之第十七案是张相国如夫人停经六个月发热，被认为是妊娠，案主切脉：“两寸脉浮数，两尺脉沉微，右关浮弱，左关浮芤”，案主据芤脉主积血，况在藏血之肝经，肝为血海。断为此非胎脉，乃《素问·阴阳别论》“二阳之病发心脾，有不得隐曲，女子不月”之证，先行气活血通经，后滋阴养血治之而愈。书中有数案以辨
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