血栓闭塞性脉管炎的病因至今尚不明确，一般认为是由综合因素所致，其主要病因包括：
（1）吸烟指主动和被动吸烟者。烟碱能使血管收缩，戒烟可使病情好转，再吸烟后病情会复发、加重。吸烟虽与本病关系密切，但并非唯一因素。
（2）寒冷和感染寒冷损伤可使血管收缩。我国北方发病率远高于南方，很多TAO病人有皮肤霉菌感染，感染影响了人的免疫反应，可使血液中的纤维蛋白原含量增多，易发生血栓形成。目前尚不能确认寒冷和感染为本病的主要病因，。而是一种诱因，加重了血管痉挛作用。
（3）性激素病人绝大多数为男性，青壮年发病，与前列腺功能紊乱引起血管舒缩功能失常有关。
（4）血管神经调节障碍自主神经系统对内源性或外源性刺激的调节功能失常，可使血管处于痉挛状态，从而导致血管壁增厚和血栓形成。
（5）外伤少数病人有肢体损伤史，如压伤、剧烈活动、长途行走等，发病可能与血管损伤有关。也有人认为外伤后刺激神经感受器，进而引起中枢神经系统功能失调，使其逐渐丧失对周围血管的调节作用，引起血管痉挛，长期痉挛导致血栓阻塞。
（6）免疫学说临床研究表明TAO病人有特殊的抗人体动脉抗原的细胞和体液免疫性，血清中有抗动脉抗体存在。病人血管中发现各种免疫球蛋白(IgM,IgG,IgA)和C3复合物。血清中发现抗核抗体存在，无抗线粒体抗体，人类白细胞抗原异常与自体抗体的存在提示本病可能是自身免疫性疾病。
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