病变从上呼吸道开始，有充血、单核细胞浸润，向支气管和肺蔓延，呈间质性肺炎或斑片融合性支气管肺炎。一般起病缓渐，有乏力、咽痛、咳嗽、发热、纳差、肌痛等。半数病例无症状。X线显示肺部多种形态的浸润影，呈节段性分布，以肺下野为多见，有的从肺门附近向外伸展。支气体肺炎可在3－4周自行消散。儿童可并发鼓膜炎和中耳炎，伴有血液（急性溶血、血小板减少性紫癜）或神经（周围性神经炎、胸膜炎等）等并发症或雷诺现象（受冷时四肢间歇苍白或紫绀并感疼痛）时，则病程延长。
起病缓慢，潜伏期约2—3周，病初有全身不适，乏力、头痛。2—3天后出现发热体温常达39℃左右，可持续1—3周，可伴有咽痛和肌肉酸痛。
咳嗽为本病突出的症状，一般于病后2—3天开始，初为干咳，后转为顽固性剧咳、常有粘稠痰液偶带血丝，少数病例可类似百日咳样阵咳。可持续1—4周。肺部体征多不明显，甚至全无。少数可听到干、湿罗音乐。但多块消失，故体征与剧咳及发热等临床表现不一致，为本病特点之一。婴幼儿起病急，病程长，病情较重，表现为呼吸困难、喘憋、喘鸣音较为突出，肺部罗音比年长儿多。部分患儿童可患有溶血性贫血，脑膜炎、心肌炎、呻吟、格林—把利综合征等肺外表现。
周围血白细胞总数正常或稍增多，以中性粒细胞为主。起病后2周，约2／3病人冷凝集试验阳性，滴定效价大于1：32，特别是当滴度逐步升高时，有诊断价值。约半数病人对链球菌MG凝集试验阳性。诊断的进一步证实有赖于血清中支原体IgM抗体的测定（酶联免疫吸附试验最敏感，免疫荧光法特异性强，间接血凝法较实用）。抗原检测可用PCR法，但试剂药盒还有待改进，以提高敏感性和特异性。
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