不少细菌和病毒可引起新生儿流行性腹泻。如①埃希大肠杆菌：以致病性大肠杆菌（EPEC）最多见，国内报道的有O127、O111、O55、O128等引起的流行，也有产毒性大肠杆菌（ETEC）引起的暴发流行的报道。②沙门菌：80年代国内有些地区多次发生鼠伤寒沙门菌引起的暴发流行性腹泻，病情相当严重，但也有阿哥纳沙门菌引起的极轻型小流行。③其他细菌 如空肠弯曲菌、绿脓杆菌、变形杆菌等虽可引起新生儿腹泻，但很少引起大流行。④轮状病毒（Rotavirus）是病毒性腹泻中最常见的病原，在新生儿中可以引起流行性腹泻。还有轮状病毒样因子如微型轮状病毒偶也可以引起流行性腹泻。其它如冠状病毒、柯萨奇B型病毒和埃可病毒虽都可引起腹泻，但未引起流行。
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