克隆氏病起病缓慢，病程较长，少数为急性起病。其临床表现、病情轻重多和病变部位、程度及病期有关。
（1）腹痛：是最常见的症状，呈间歇性发作，伴有肠鸣音增强，病变进一步发展，可出现不完全性肠梗阻，此时常有腹胀，甚至出现肠型。
（2）腹泻：大部分人有腹泻，大便次数与病变范围有关，多为软便或稀便，一般无肉眼可见的粘液、脓血。广泛弥漫性小肠病变可有水样便或脂肪泻，与进食纤维丰富的食物有关。病变涉及结肠远端时，常有里急后重，其表现溃疡性结肠炎相似。
（3）全身症状：体重减轻、贫血、低蛋白血症、水与电解质平衡失调及营养缺乏等。1/3病人有低热或中等发热，查体见腹部可有肿块、局部压痛等体征。
（4）肛门及直肠周围病变：脓肿、窦道、瘘管形成是克隆氏病常见的表现。
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