本病是贯穿肠壁全层的增殖性炎症性疾病，并侵犯肠系膜和局部的淋巴结。急性炎症期剖腹术时，发现末端回肠肠壁水肿、充血，呈紫红色；浆膜层有纤维素性渗出物，相连的肠系膜有肿胀、充血和淋巴结肿大。慢性期因纤维组织增生而使肠壁明显增厚、坚韧。肠腔狭窄多见于末端回肠，临床上可出现不同程度的肠梗阻。狭窄上端有肠壁扩张。病变累及浆膜时，病变呈特征性的手指样变化。本病常呈典型的分段分布，受累肠段与正常肠段分界清楚，呈所谓跳跃区的间隔。粘膜有以下典型病变：
(1)溃疡：有多发纵行裂沟状溃疡及各种不规则溃疡，溃疡间粘膜正常，纵行溃疡沿肠系膜侧分布。
(2)卵石样结节：是粘膜下层水肿和细胞浸润形成的小岛状突起，好发于小肠纵行溃疡旁，在结肠更由于纤维化和瘢痕组织的收缩引起局限密集性的炎症性息肉症。
(3)肉芽肿：为非干酪性，无抗酸杆菌，因此有别于结核。
(4)裂沟、瘘管和脓肿形成：穿透性溃疡可形成肠壁内裂沟，也可引起肠与肠、肠与腹膜间的粘连和瘘管，或在腹膜和腹膜后、肠系膜间形成脓肿。
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