放射治疗包括胸腺疗法、脾脏疗法、全身疗法及病位局部放疗。胸腺疗法其机理和胸腺切除相似，治疗后胸腺明显萎缩，伴脂肪浸润，淋巴滤泡消失，胸腺小体明显减少，同时重症肌无力患者经胸腺放疗后血中T淋巴细胞和B细胞明显减少，其副作用常有全身不适、乏力、纳差、食道痛及血细胞减少等。
脾脏化疗是近10年来开展的比较新的方法，进而抑制乙酰胆碱受体抗体的产生，达到减轻或缓解重症肌无力症状的目的，副作用是腹泻、肠鸣等。
全身疗法能有效的抑制患者的自体免疫反应，不仅抑制产生抗体的B细胞而且抑制能调节和促进免疫反应的T细胞；病变部位局部放疗对于眼肌型重症肌无力患者，可给予眼肌局部放疗，可使症状得以改善，其机理是局部放疗抑制了部位神经肌肉接头处突触后膜上乙酰胆碱受体抗体和LgG的作用，可以减轻重症肌无力患者的临床症状，但副作用较大，如白细胞减少、胃肠反应、局部皮肤肌肉红肿疼痛。
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