自身免疫疾病中，与某些外因作用有明显的关系，称为继发性自身免疫病，如慢性活动性肝炎、眼外伤后交感性眼炎等。这类疾病往往属器官特异性自身免疫病，预后较好。大多数自身免疫病的发生与外因似无明显关系，称原发性自身免疫病，可以是器官特异性、非器官特异性或中间型。
自身免疫病可按其病程分为急性和慢性。急性局限性者如特发性血小板减少性紫癜、自身免疫性溶血性贫血；急性全身性者如EB病毒感染后出现的多种自身抗体；慢性局限性者如重症肌无力、自身免疫性甲状腺炎；慢性全身性者如类风湿性关节炎、sLE。
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