动物和临床实验证明，自身的乙酰胆碱受体是产生重症肌无力的自身抗原，乙酰胆碱受体存在于：
①神经肌肉接头的突触后膜、部分前膜。
②神经节细胞的突触表面和中枢神经系统的胆碱能神经递质传递的突触后膜。
③胸腺的肌样上皮细胞及其他细胞表面，以及部分大肠杆菌、流感杆菌的菌体表面等。
正常人体中，乙酰胆碱受体有自然的形成、脱落和代谢的过程。这个过程亦可能产生一定的抗体，但是由于乙酰胆碱受体脱落与新生乙酰胆碱受体替补的平衡，机体并不发生疾病。在病毒感染的情况下，机体对乙酰胆碱受体脱落的自身代偿能力和耐受力发生了改变，使正常的生理过程过分扩大而产生疾病。病毒表面与乙酰胆碱之间存在的共同抗原-抗病毒抗体的产生，导致交叉免疫反应。病毒感染胸腺，使胸腺中的肌样上皮细胞及其他细胞表面的乙酰胆碱受体致敏，产生抗乙酰胆碱受体抗体。这几种因素仅导致一部分人发病，其他可能是与机体的遗传因素有关。
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