部分重症肌无力患者在发病过程中出现一些自主神经功能障碍的症状，如瞳孔散大、唾液分泌过剩、尿潴留、小便困难、腹痛、腹泻、便秘、呕吐等。乙酰胆碱受体抗体不仅是一种只侵犯骨骼肌的突触后膜的烟碱型乙酰胆碱受体，也可侵犯平滑肌的突触后膜的毒蕈碱型乙酰胆碱受体，因此，重症肌无力患者瞳孔括约肌的改变，可能是重症肌无力患者体内的乙酰胆碱受体抗体与交感神经二级纤维髓鞘上的乙酰胆碱受体结合，致交感神经电兴奋传递障碍，引起瞳孔散大，对光反射迟钝。其他的神经改变可能是免疫泛化的结果。
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