多发性硬化症一般不危及生命，大多数患者通过适当治疗，可完全或部分恢复，但是反复发作者可导致肢体残疾，影响患者的生活及工作，部分患者因为脑部病变的因素以及精神压力而出现抑郁症，严重者可导致自杀。多发性硬化症的预后取决于药物治疗是否及时、是否给予康复治疗，也与多发性硬化症分型有关。一般良性型复发次数少，病情完全或基本缓解，病程可在10年以上，而神经功能状态仍属正常或轻残。缓解复发型的特点是反复发作，部分或大部分缓解，缓解期可达数月致数年， 病情进展缓慢。一般发病的第一年复发的可能性最大。继发进展型及原发进展型病情缓慢进展，致残率高。
多发性硬化症致残的主要原因有：严重疲劳、下肢运动障碍(由于下肢力弱、感觉丧失及共济失调)、尿急、尿失禁及尿潴留、疼痛、双手不灵活(由于上肢力弱、感觉丧失、共济失调、严重震颤)、注意力及记忆力障碍、抑郁、视物困难(视力丧失及复视)、言语障碍(构音障碍)、吞咽困难、下肢痛性痉挛、便秘。
多发性硬化症的并发症：抑郁、尿系感染、吸入性肺炎及支气管肺炎、肺栓塞、褥疮、肢体挛缩、胃肠无力及假性肠梗阻。病情的缓解和复发是多发性硬化症最重要的临床特点。部分患者在首次发作后会有一完全的临床缓解期。少数患者表现为一系列的复发恶化，每一次复发都有完全缓解。这种复发恶化程度可很严重以至于引起四肢瘫痪和假性延髓性麻痹。首发症状出现和第一次复发的间期差别很大，20%在2 年内，另有20%在5～9 年内，还有10%在10～30 年内复发。在如此长的潜伏期内，病理过程仍保留潜在活性。随时间延长，患者逐渐进入一个慢性、稳定或波动性神经功能衰退期。
已明确影响病程的因素不多。与一般的观念相反，妊娠对多发性硬化症无恶性影响。实际上，妊娠可带来意想不到的临床稳定，甚至改善。这可能与多发性硬化症是一种自身免疫性疾病有关。已确诊的患者妊娠后平均复发率随妊娠时间的延长而降低。然而，在产后的头几个月内恶化的危险性增加，较非妊娠期高两倍。该病的病程差别很大。少数患者在发病后数月或数年内死亡。但平均病程超过30 年。
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