肛瘘的内口是初起感染生成肛瘘的入口，是发病的起源，因此，肛瘘都有其内口，同时，瘘管长期不能愈合，充分证明有病灶内口的存在。手术中的观察也证实了这点。
一般来说，绝大多数内口在肛窦内及其附近，集中在肛管后正中部两侧发病。内口可在直肠下部或肛管的任何部位，但多在内外括约肌连接处的平面上。有的有二处内口，一在肛管，一在直肠。临床中，若内口在直肠下部，表示瘘管复杂，手术操作较困难；若同一平面上有两个内口时，表示有两个瘘管，各有内口通入肛管。一般内口较小、圆形，在齿线附近可摸到变硬的凹陷；有的内口较大，形状不规则；内口较大的多为结核性肛瘘。
肛瘘的内口处理是治疗的关键所在。手术时如找不到内口，或内口处理失当，瘘管则不能完全治愈。即便有时伤口暂时愈合，因入口仍然存在，感染时仍易复发，形成肛瘘。因此，在手术之前，一定要仔细检查肛瘘的内口，完全切除或切开它，才能彻底治愈肛瘘。
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