目前对肛瘘的分类尚不统一，但最常用的分类方法有以下三种：
(一)隅越幸男分类法：(1979年)
(二)全国肠肛协作会议制订的分类法
国内普遍采用的按1975年全国肛肠协作会议制订的肛瘘诊断标准分类。
1.按病源分
化脓性肛瘘和结核性肛瘘。
2.按病变程度分
①单纯性肛瘘
a.低位单纯性肛瘘：仅有一个瘘管，一个内口和一个外口之完全瘘。内口在齿线处，管道通过外括约肌浅部或浅部以下。
b.高位单纯性肛瘘：仅有一个瘘管，内口在齿线或齿线以上，管道行径在外括约肌深层以上，或穿行于直肠粘膜下，而不穿过肌肉者(包括内盲瘘及全内瘘)。
②复杂性肛瘘
a.低位复杂性肛瘘：内口在齿线处，管道在外括约肌深层以下，并有支管和空腔，外口和管道两个或两个以上(包括多发性瘘和无高位内口的高位空腔，根据病变范围占肛门周围面积大小又可分为三度，Ⅰ度<1/4，Ⅱ度>1/4～1/2，Ⅲ度>1/2。
b.高位复杂性肛瘘：有两个以上管道或支管和空腔，其主管道通过外括约肌深层以上或穿过直肠环，有一个或两个以上内口，内口在直肠环以上者。根据病变侵犯肛门直肠范围大小，亦和低位复杂性肛瘘一样，可再分为三度。
③马蹄形肛瘘
瘘管环行，外口在肛门部两侧，内口多在截石位6点或12点处。又有前位、后位、前后位马蹄形肛瘘之分。
a.前位马蹄形肛瘘：瘘管环行，外口在肛门前方两侧扩散到会阴及阴道瘘，外口若在肛缘2.5cm以内，内口就在对侧。若在2.5cm以上者，内口可能在后侧。
b.后位马蹄形肛瘘：瘘管环行，管道向肛门后两侧扩散，距肛缘较远较深，有多数外口，多数瘘管管腔相互贯通，内口大多在肛门后侧。
c.前后位马蹄形肛瘘：瘘管环行围绕肛管，外口肛周一圈都有，少则几个，多则几十个，大面积被侵犯，管道行径复杂。
(三)史兆歧教授分类法
根据瘘管与肛门直肠周围间隙的关系，以及病理变化和治疗上的方便分以下类型：
①皮下或粘膜下肛瘘
a.皮下瘘，是指原发内口在肛窦，瘘管在肛门管皮肤下或肛门周围皮肤下的浅在性肛瘘，外口距肛门很近。
b.粘膜下瘘，系指原发口在肛窦，瘘管在肛门管直肠粘膜下，皮肤外没有开口。
②内外括约肌间肛瘘
a.低位肌间瘘管：指内口在肛窦，瘘管穿至内外肛门括约肌间隙，穿过外肛门括约肌皮下部的肛瘘。而瘘管走向直，只有一个外口的，称作单纯性低位肌间瘘。而走向弯曲，有支管的称为复杂性低位肌间瘘。
b.高位肌间瘘管：指内口在肛窦，瘘管至内外括约肌间向上发展的肛瘘。
③肛提肌下肛瘘
a.低位肌外瘘管：指内口在肛窦，瘘管穿过肛门外括约肌浅部的肛瘘。向一侧坐骨间隙发展的称为单纯性低位肌外瘘。向两侧坐骨直肠间隙发展，形成像马蹄铁形状，肛门两侧都有外口的称为复杂性低位肌外瘘，又叫低位蹄铁形肛瘘。
b.高位肌外瘘管：指内口在肛窦，瘘管穿过肛门外括约肌深部的肛瘘。向一侧坐骨直肠间隙发展的称为单纯性高位肌外瘘，向二侧坐骨直肠间隙发展的称为复杂性高位肌外瘘，又叫高位蹄铁形肛瘘。
④肛提肌上肛瘘
指内口在肛窦或齿状线上方肛管直肠壁上，瘘管由肌间隙进入骨盆直肠间隙，穿过肛提肌的高位肛瘘。
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