扁平疣的发病是人类乳头瘤病毒感染所致，但与免疫功能低下和皮肤局部外伤有密切关系。由于目前所知抗病毒药对此类病毒的疗效都不佳，所以尽管治疗方法非常多，能达到75%以上疗效的并不多。这样就有可能不同医生给你选择的治疗方法都不同。
一般的治疗分为局部和全身用药，应根据不同患者、不同部位、皮损数目、大小等选用不同方法。对数目不多的扁平疣，可根据医生指导选用3％酞丁胺霜外用、0.05％～0.1％维A酸软膏或阿达帕林霜外用、氟尿嘧啶软膏外搽。对数目多或久治不愈者可选用聚肌胞注射液、左旋咪唑片、卡介苗提取素注射液等免疫制剂全身用药。具体方法最好还是按医嘱来使用为好。当然中医药也有不少方法可用，以散风平肝、清热解毒、散结为治疗原则。一般来说，扁平疣都能治愈，只是时间和方法问题。
要提醒的是治疗前要找专科医生诊断明确是否扁平疣，临床上发现相当一部分患者并不是扁平疣，却按此治疗很久了。这是因为扁平疣很多人了解，但形态相类似的其它皮肤病并不知晓，甚至一些非专科的医生也会搞错。
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