甲下型甲癣取病甲PAS染色很容易找到真菌，在甲板层中可见菌丝及关节孢子，一般局限于甲板的最下部。甲质松解并非皮癣菌感染的一个特征，只是甲板被其间生长的真菌机械地分开，真菌在甲板内的分布及数量各不相同。甲板组织可有少许炎症或全无炎症表现。
真菌性白甲症真菌丝常只局限于甲板的最上部位，很少波及较深层，在甲板上部可见大量菌丝，比在甲下型甲癣中所见到菌丝更大更宽。切片中常有成团肿胀的菌丝和不规则的关节孢子。
短帚毒菌的甲真菌病，其分子孢子常可在甲内找到。念珠菌性甲真菌病常可伴有慢性甲沟炎，引起甲的结构发生破坏，并伴有慢性炎症反应。酵母菌所致的甲真菌病甲及其疏松组织中可找到真菌。其他真菌所致的甲病在甲沟及甲床内有碎屑，切片中可见其中有菌丝。
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