在临床上，有很多患者认为，只要患了尖锐湿疣就会癌变，加上本身对疾病的正确认识不足，造成患者心理极大的恐慌和压力。其实不然，尖锐湿疣癌变的几率是非常小的。
在某些自然的或实验条件下，HPV病毒诱发的尖锐湿疣虽具有转化为癌的倾向，然而这种转化率病不高，不是所有的HPV感染者都会进展为癌。对于大多数患者而言，这种转化还需要其它辅助因子的存在，例如吸烟、化学物质、宿主因素(例如HIV感染)和环境协同因素等，均对尖锐湿疣转为恶性肿瘤有致突变及启动作用。从临床情况而言，尖锐湿疣的癌变趋向可能与以下几种因素有关：
1、免疫功能降低或身体衰弱时的人体易患尖锐湿疣，而癌症的发生也与免疫功能有关，加上某些原因激活癌基因、免疫状态改变和某些致癌物质作用，或皮损融合成片，长期不愈，形成溃疡，浸润糜烂，有继发感染等慢性刺激，最终发生细胞突变而转化为癌。
2、机体免疫功能下降，复发率高，采取多种有效治疗措施，仍不能有效控制复发的皮损，可能向恶性化发展。
3、肛门、直肠及肛周等部位的巨大尖锐湿疣是高度进展性肿瘤，具有复发和恶变特性，尤其是向皮肤深层浸润生长时，恶变的可能性更大。
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