扁平苔藓具有明显的组织学特征。持久的口腔或外阴扁平苔藓呈肥厚的融合损害有时在临床上很难与粘膜白斑相鉴别，口腔广泛的糜烂性损害也需要与念珠菌病，癌肿。阿弗他溃疡、天疱疮、瘢痕性类天疱疮和慢性多形性红斑相鉴别，扁平苔藓损害周围可见短的树枝状伸展和特殊的灰白色花边样损害，活检常常是有指征的，但陈旧性损也可没有特殊发现。
在现在，扁平苔藓病因不明，与精神因素、内分泌因素、免疫因素、感染因素等有关。
1、精神因素OLP发病与失眠、情绪波动、更年期或经前期精神紧张有关，这些因素去除后，病情即可缓解。
2、内分泌因素临床可见有的女性OLP患者在妊娠期间病情缓解，哺乳后月经恢复时，病损又复出现。
3、免疫因素OLP是一种口腔黏膜以T细胞介导的炎症病变，T淋巴细胞由局部微血管外渗，后移行至口腔上皮，聚集在OLP病损内。用皮质类固醇及氯喹等免疫抑制剂有效，证明本病与免疫有关。
4、感染因素通过病理切片及电子显微镜检查，发现病损内有可疑的病毒与细菌。
5、微循环障碍因素据国内多项调查提示，高黏血症及微循环障碍与扁平苔藓的发生有关。
6、组织病理具有特征性。表皮角化过度，颗粒层呈据灶性楔形增厚，棘细胞不规则增厚，表皮突呈锯齿状，基底细胞液化变性，真皮上部淋巴细胞呈带状浸润，真皮乳头层可见胶样小体及嗜黑素细胞。
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