①急性脑炎期，细菌进入脑白质，病灶区出现炎性细胞浸润，脑组织软化坏死，出现许多小液化灶、病灶周边水肿。若病灶靠近脑浅表处，则有脑膜炎反应。此期病人出现全身急性感染中毒症状，如高热头痛、呕吐、嗜睡、全身乏力，颈部抵抗。末梢血中粒细胞增高，血沉增快。一般病程1～2周。用抗生素后全身症状很快缓解。隐源性脑脓肿可无全身中毒症状。
②化脓阶段，此时软化坏死炎性灶形成脓液，许多坏死化脓灶逐渐融合成脓腔，脓腔逐渐增大，有时脓腔间仍有间隔成为多房脓腔。脓腔周围有不规则炎性细胞和淋巴细胞浸润形成一薄层包膜，但与邻近脑水肿组织和神经胶质增生带尚无明显界限。此时病人全身感染症状好转或消失，此阶段可称潜伏期。潜伏期长短不一，可以数天到数月。
③包膜形成阶段；脓腔壁的肉芽组织和神经胶质细胞纤维化而形成一个坚韧的包膜。包膜形成的快慢与病原体种类和毒性、机体抵抗力、抗生素使用有关。脑脓肿可以是单发，也可以是单发多房或多发。包膜一般于2～3周内初步形成，完整包膜形成需4～8周。随包膜的逐渐形成和脓腔的增大，颅内压逐渐升高。局灶症状也相继出现。病情发展快者易出现脑疝。颞叶脓肿容易发生颞叶钩回疝（小脑幕切迹疝），小脑脓肿易发生小脑扁桃体疝（枕大孔疝）。此时病人突然昏迷，病灶侧或双侧瞳孔散大。呼吸浅表，减缓或停止，脉搏迟缓，血压上升后下降。另一种是脑脓肿破裂。见于邻近脑室的和脑浅表处的脓肿，当脓腔压力增大或腔壁较薄时（常在全身用力、腰穿快速或大量放液或脑室造影）突然破入同侧脑室或蛛网膜下腔，形成急性化脓性脑室炎或脑膜炎。病人突然高热、昏迷、抽搐、末梢血和脑脊液粒细胞剧增。死亡率极高。
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