1.肠道菌群失调的处理：限制乳类和豆制品。大肠杆菌数量减少者可给乳糖和Vitc，肠球菌减少者可给叶酸。可服乳酶生（含厌氧乳杆菌）4～6g，或枯草杆菌片剂（每片含菌50亿），或枯草杆菌溶液100～200ml（每ml含活菌3亿）灌肠，每晚1次，疗程2～3周，以促使厌氧菌生长，重新恢复肠道菌群平衡。培菲康和丽珠肠乐也可调整肠道菌群，前者成人3～5粒/次，后者2粒/次，皆每天2～3次。
2.抗生素的应用：首先要抓紧致病菌的分离鉴定和药敏检测，致病菌不敏感或过去曾用的无效药物暂不宜采用。大多主张联合应用两种不同类的抗菌药物，剂量充足，疗程须较长且需重复1～3疗程。可供选用药物同急性菌痢。
3.菌苗治疗：应用自身菌苗或混合菌苗，隔日皮下注射一次，剂量自每日0.25ml开始，逐渐增至2.5ml，20天为一疗程。菌苗注入后可引起全身性反应，并导致局部充血，促进局部血流，增强白细胞吞噬作用，也可使抗生素易于进入病变部位而发挥效能。此外，也可试以噬菌体治疗。
4.局部灌肠疗法：使较高浓度的药物直接作用于病变部位，以增强杀菌作用，并刺激肉芽组织新生，一般作保留灌肠。常用的药物为5%大蒜浸液100ml或0.5%～1%新霉素100～200ml，每日1次，10～15次为一疗程。有人主张灌肠溶液中加入0.25%普鲁卡因、氢化可的松25mg，或可提高疗效。
5.肠道紊乱的处理：可酌情用镇静、解痉或收敛剂。长期抗生素治疗后肠道紊乱，可给乳酶生或小剂量异丙嗪、复方苯乙呱啶或针刺足三里。也可以0.25%普鲁卡因液100～200ml保留灌肠，每晚1次，疗程10～14天。
中毒性菌痢的治疗：本型来势迅猛，应及时针对病情采取综合性措施抢救。
1.纠正水与电解质紊乱：应补充失液量及钾、钠离子，但需慎防用量过大速度过快而引起肺水肿、脑水肿。
2.抗菌治疗：采用庆大霉素或阿米卡星与氨苄西林静脉注射，剂量、用法同急性期，中毒症状好转后，按一般急性菌痢治疗或改用复方磺胺甲噁唑（SMZ-TMP）或诺氟沙星口服，总疗程7～10天。氟喹诺酮类静脉针剂和头孢哌酮也可使用。
3.高热和惊厥的治疗：高热易引起惊厥而加重脑缺氧和脑水肿，应用安乃近及物理降温，无效或伴躁动不安、反复惊厥或惊跳者，可给予亚冬眠疗法，以氯丙嗪与异丙嗪各1～2mg/kg肌注，必要时静脉滴注，病情稳定后延长至2～6小时注射一次，一般5～7次即可撤除，尽快使体温保持在37℃左右。冬眠灵具有安定中枢神经系统和降温的作用，可降低组织耗氧量，抑制血管运动中枢，可使小动脉和小静脉
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