（一）粪便检查：典型痢疾粪便中无粪质，量少，呈鲜红粘冻状，无臭味。镜检可见大量脓细胞及红细胞，并有巨噬细胞。培养可检出致病菌。如采样不当、标本搁置过久，或患者已接受抗菌治疗，则培养结果常不理想。常用的鉴别培养基为SS琼脂和麦康凯琼脂。
（二）血象：急性病例白细胞总数及中性粒细胞有中等度升高。慢性病人可有轻度贫血。
（三）其他检查：荧光抗体染色技术为快速检查方法之一，较细胞培养灵敏。国内采用免疫荧光菌球法，方法简便，灵敏性及特异性均高，采样后8小时即可作出诊断，且细菌可继续培养并作药敏试验。乙状结肠镜检查可见急性期肠粘膜弥漫性充血、水肿、大量渗出、有浅表溃疡，有时有假膜形成。慢性期的肠粘膜呈颗粒状，可见溃疡或息肉形成，自病变部位刮取分泌物作培养，可提高检出率。此外，X线钡剂检查在慢性期患者，可见肠道痉挛、动力改变、袋形消失、肠腔狭窄、肠粘膜增厚，或呈节段状。近年来有人以葡萄球菌协同凝集试验作为菌痢的快速诊断手段，具有良好的敏感性和特异性。
急性菌痢应与下述疾患鉴别。
（一）流行性乙型脑炎：本病表现和流行季节与菌痢（重型或中毒型）相似，后者发病更急，进展迅猛、且易并发休克，可以温盐水灌肠并做镜检及细菌培养。此外，本病尚应与沙门氏菌感染、副溶血弧菌食物中毒、大肠杆菌腹泻、空肠弯曲菌肠炎、病毒性肠炎等相鉴别。慢性菌痢应与慢性血吸虫病、直肠癌、非特异性溃疡性结肠炎等鉴别。
（二）阿米巴痢疾：起病一般缓慢，少有毒血症症状，里急后重感较轻，大便次数亦较少，腹痛多在右侧，典型者粪便呈果酱样，有腐臭。镜检仅见少许白细胞、红细胞凝集成团，常有夏科-雷登氏结晶体，可找到阿米巴滋养体。乙状结肠镜检查，见粘膜大多正常，有散在溃疡。本病易并发肝脓肿。
流行季节有腹痛、腹泻及脓血样便者即应考虑菌痢的可能。急性期病人多有发热，且多出现于消化道症状之前。慢性期病人的过去发作史甚为重要，大便涂片镜检和细菌培养有助于诊断的确立。乙状结肠镜检查及X线钡剂检查，对鉴别慢性菌痢和其他肠道疾患有一定价值。在菌痢流行季节，凡突然发热、惊厥而无其他症状的患儿，必须考虑到中毒型菌痢的可能，应迟早用肛试取标本或以盐水灌肠取材作涂片镜检和细菌培养。
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