IBS的诊断是根据大便特征，疼痛时间和特点，并通过体检和常规诊断性检验排除其他疾病后方能确立。标准化的IBS诊断标准已被确定。IBS罗马标准包括排便后缓解的腹痛，大便频度或性质的改变，腹胀或粘液。诊断的关键是病史的有效获取，应注意直接地，非强制性地对现有症状，病史，过去治疗史，家族史，家庭成员的关系，药物和饮食史进行描述。患者对私人问题的解释和患者总体情绪状态也是同样重要的。医患关系的好坏是决定诊断和治疗效果的关键。
在体检时，IBS患者一般呈健康状态。腹部触诊可有压痛，尤其是左下腹，有时可能有压痛的乙状结肠。所有患者都需进行肛指检查，对女性应作盆腔检查。
应作大便隐血检查(最好为期三天连续进行)。若无相关的旅游或症状(如发热，血性腹泻，严重腹泻的急性发作)的支持，极少需进行常规虫卵或寄生虫检查或大便培养。
应进行纤维直肠乙状结肠镜检查，乙状结肠镜伸入和注入空气经常会诱发肠痉挛和疼痛。IBS患者的粘膜和血管常正常，在慢性腹泻患者，尤其是年龄较大的妇女中，粘膜活检可排除是显微镜下的结肠炎，其有两种类型：胶原性结肠类，三色染色显示粘膜下胶原沉积；淋巴细胞性结肠炎，粘膜淋巴细胞数增加，这些患者的平均年龄是60~65岁，女性多见，与IBS相同，表现为非血性水样腹泻，可通过直肠粘膜活检进行诊断。
实验室检查，应该包括全血细胞计数，血沉，6或12项生化谱，其中包括血清淀粉酶，尿液分析和促甲状腺激素测定。应根据患者基本病史，体检，年龄，随访评估的结果选作腹部声像学检查，钡剂灌肠，食管胃十二指肠或结肠镜。然而，这些检查只有当损伤轻和花费少的检查显示异常时才进行。
对IBS诊断不应排除对伴发疾病的怀疑，症状变化可能提示着另一种疾病的存在，例如疼痛的定位，形式和强度的改变，大便习惯，便秘或腹泻的改变，或者反之亦然，并且新的症状或主诉(如夜间腹泻)可能在临床上具有重要意义。其他需要检查的症状包括粪便中混有新鲜血液，体重减轻，十分严重的腹痛或异常的腹部胀，脂肪泻或明显恶白的粪便，发热或寒战，持续性呕吐，呕血，促使患者从熟睡中醒来的症状(如疼痛或急于排便)或症状持续性恶化。40岁以上患者比年轻者更易夹杂器质性疾病。
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