病因不明。可能与链球菌、分枝杆菌、单纯疱疹病毒等细菌或病毒感染，对钴、以及桂皮、可可、香旱芹油精等的过敏反应，自主神经系统调节的血管舒缩紊乱，遗传因素等有关。亦有文献报道可能与感染性病灶如慢性根尖周病、鼻咽部炎症等有关，或为对皮下脂肪变性的异物反应。女性患者可能与月经周期有关。
非干酪化类上皮细胞肉芽肿多位于固有层和粘膜下，有时可见于腺体及肌层内。慢性炎细胞如淋巴细胞、浆细胞等浸润至肌层粘膜腺、血管、淋巴管周围，胶原肿胀，基质水肿，血管扩张增厚。有的标本可无特征性肉芽肿，只有间质和血管改变。
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