口腔病损常常为对称性。若用放大镜细细观察，其病损则表现为白色细线条或针帽大小的丘疹，并组成网状、线条、环形、斑块等各种图形。具有以上典型症状的病人不难作出临床诊断。但如果病程反复，时间较长，或有水疱、溃疡、糜烂等损害时，则需依靠活检或其他诊断方法来与另外一些粘膜病鉴别。
口腔粘膜扁平苔藓应与以下几种疾病相鉴别：
1、口腔赤斑病(简称赤斑，口腔红斑)赤斑是一种红色口腔粘膜癌前损害，非常类似于癌前皮炎——博温病(Bowen disease)，二者在组织病理海陆空上的改变，也常难以区分。为免于在字面上混同于良性的炎症性红斑(macule)而称赤斑，以示二者在本质上的差异。
赤斑好发于“危险区域”：舌腹(缘)—口底、口角区颊粘膜与软腭复合体；中年女性患者多于男性。赤斑初期的特征，是上皮萎缩与异常增生，临床上的突出表现为血红色的光亮似“无皮状”的圆或椭圆形斑块，界限非常清楚，触诊非常柔软，类似“天鹅绒”，损害微凹或平状；无明显疼痛或不适;损害如绿豆大小，逐渐向四周扩大。这种表面鲜红光亮而无白色成分的类型称为均质型赤斑。反之，若赤斑中有白色颗粒，则称颗粒状赤斑。若又有颗粒并伴有较大的结节时，则称为颗粒—结节状赤斑。这种类型由于同时存在两种癌前损害：赤斑与白斑，因此，又可称为颗粒—结节状白斑(参阅白斑节)。
赤斑在缓慢扩展过程中，临床特征为柔性与血红色逐渐减退，界限不清，表面轻度隆起，触诊具坚韧感，表明赤斑已从萎缩与异常增生阶段发展为原位癌或浸润癌，故有时亦称“增殖性红斑”或“红斑瘤”，应立即进行活检以明确诊断。
初期赤斑的特征是上皮萎缩，故镜下所见为角化层消失或难以辨认，乳头层上仅有2-3层棘细胞，而这几层棘细胞往往已显示核浆比改变，核深染等具有癌前性质的细胞畸变；又由于乳头层接近表面以及毛细血管扩张充血，故呈特异的血红色和柔软性。
而常见的粘膜炎(mucositis)是红色良性粘膜炎的统称，创伤、感染、药疹等多种原因都可在口腔任何部位引起炎症反应，这种炎症反应通常也称红斑。红斑呈暗红色，无特异的血红色，疼痛比较明显，病程短暂。对于疑似赤斑的局限性损害，可在损害下注射皮质类固醇如确炎舒松，每周2次，如2周内无消退迹象，应予以活体检查。
2、盘状红斑狼疮女性多见，损害常发生在唇部、颊粘膜、舌背、口底舌腹等部位，皮肤损害多见于头面部。粘膜损害的特征为中央萎缩，外围为白色或黄白色而发硬的斑块，边缘不规则但界限清楚。损害发生部位可作为鉴别参考。
以上几种疾病与口腔粘膜扁平苔藓的鉴别还可借助于组织学检查：赤斑损害是角化层消失，仅有2-3层棘细胞，核浆比改变，核深染等；红斑狼疮损害的上皮有过度角化，但增生不明显；白斑则上皮有明显的异常增生;口腔粘膜扁平苔藓的上皮有角化过度或角化不全，有时且萎缩，基底细胞排列紊乱、液化或坏死，基底膜下有大量淋巴细胞浸润。
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