口腔粘膜扁平苔藓为上皮角化过度与角化不全，上皮角化层增厚或变薄，粒层增生明显，棘层肥厚亦可萎缩，上皮钉突呈锯齿状或变平消失，基底细胞液化变性。基底膜下方有大量淋巴细胞浸润带。深层结缔组织可有毛细血管扩张。约 1／2病例上皮及固有层可见均匀嗜酸染色小体称作胶样小体。炎症越重越易见到，一般认为它来源于变性上皮细胞及变性的基底膜。多认为基底细胞变化是重要病理依据。
免疫病理表现：间接免疫荧光血清抗核抗体阳性者占1／3，滴定度不超过1:40，与疾病程度不呈相关关系，不能排除自身免疫疾病，但也不能作为一诊断指标。直接免疫荧光检查在基底膜区显示抗纤维蛋白染色呈强阳性，有连续性免疫荧光带，一般延伸到上皮固有层表层或上皮层，可见抗C3的细颗粒荧光或不连续线状荧光。
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