(1)会阴子宫内膜异位症的鉴别诊断：绒毛膜上皮癌外阴部转移结节：此类结节体积较大，增长快，紫蓝色质地脆，易致大出血。患者很少疼痛，有妊娠、流产或葡萄胎病史。妊娠试验阳性。仔细询问和检查，结合实验室检查容易鉴别。
(2)阴道子宫内膜异位症的鉴别诊断：阴道壁中肾管囊肿：常见于阴道侧壁或阴道前壁，可单发或成串状，直径1—5cm不等，向阴道内凸起，表面的阴道教膜变薄发白，囊内多含澄清浆液，肿块边界清楚，囊性感明显，可随阴道教膜活动。多无症状，较大者可有性文不适，容易鉴别毛膜上皮癌阴道转移结节：本病以血行转移为主，累及阴道的转移瘤较多见，可单发或多发。阴道前壁及尿道口是最常见的转移部位。转移灶呈结节状，大小不等，位于阴道教膜下，紫蓝色，很少有疼痛。如黏膜破溃可导致喷涌状大量出血。妊娠试验阳性，活检可确诊。
(3)宫颈子宫内膜异位症的鉴别诊断：子宫颈海绵状血管瘤：本病少见，由较大血管构成，外观为界限分明的紫色或黯红色不规则区域，压迫时颜色减退，放松后恢复原状，一般无症状。子宫颈恶性黑色素瘤：本病极为罕见。外观为宫颈部蓝色不规则的硬肿块，有接触性出血、阴道不规则出血病史。需病理检查确诊。
(4)泌尿道子宫内膜异位症的鉴别诊断：尿道综合征：是一种女性患者出现尿频、尿痛的综合征，其中段尿培养阴性，和子宫内膜累及膀胱但未穿透黏膜者相似，必须通过膀肮
镜和腹腔镜鉴别诊断。
(5)消化道子宫内膜异位症的鉴别诊断：克罗恩(Crohn)病：本病主要症状是慢性腹泻，很少便血；有下腹隐痛，体重下降，容易导致肠狭窄，表现为不同程度的肠梗阻症状，而且肠道外病变较多见，内膜异位症累及肠道相似，纤维结肠镜检查可见病变为片状散在分布，病变处黏膜与腹腹之间黏膜水肿，组织活检可确诊。
(6)胸腔子宫内膜异位症的鉴别诊断：自发性气胸的原因可以很多，但发病时间无规律性，很少有。而子宫内膜异位症导致的自发性气胸以右侧多见，发生在月经期，引起肺萎缩，有呼吸困难及胸痛，胸腔内肺可再扩张，症状体征消失。胸、腹腔都产生血性液体也提示要注意其内有无病变，需要仔细地鉴别。肺部肿瘤；本病也可以有咯血、胸腔积液及x线检查提示灶性病变的阴影，与子宫内膜异位症相似，但缺乏周期性的变化，且病变逐渐加重全身状况差，结合肺部CT、MRI、纤维支气管镜检查，鉴别较容易。肺结核：低热、 月经不调、咯血、胸痛，早期X线检查有不典型的渗出性改变，都和胸膜—肺子宫内膜异位症相似，肺结核伴有盆腔结核病灶者更难区别。痰结核杆菌检查是最特异性的诊断方法。
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